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Confusion liée à une interaction terme sonde-par-arrière-plan


Je lisais un article lié à la bioinformatique où il utilise la réponse médicamenteuse sur les cellules cancéreuses et l'expression des gènes des cellules individuelles est étudiée pour trouver des informations utiles. En particulier, en utilisant l'expression génique des cellules, un prédicteur de la réponse médicamenteuse est créé.

Ils ont déclaré que le simple fait d'utiliser la corrélation entre l'expression génique et la réponse médicamenteuse pourrait ne pas être un bon prédicteur. Mais les gènes interagissent par des voies de signalisation pour entraîner une réponse médicamenteuse particulière.

Ce que ces gars ont fait, c'est comme utiliser le PCA sur les expressions géniques des cellules cancéreuses pour utiliser les composants qui préservent la plus grande variance.

En fait, je n'ai pas compris ce qu'ils entendent par interaction sonde par arrière-plan et comment elle est calculée.

Quelqu'un peut-il s'il vous plaît expliquer. J'ai googlé pendant un moment mais je n'ai pas compris.

Voici quelques citations de l'article où le terme est utilisé

À cette fin, nous avons comparé à quel point la réponse médicamenteuse peut être prédite par des modèles statistiques simples, qui soit directement liés sonde et fond réseaux à la réponse aux médicaments ou envisager des interactions de réseau sonde-par-arrière-plan.

Pour généraliser cette approche, le terme « sonde » pourrait être remplacé par des niveaux d'expression de transcription individuels mesurés par d'autres méthodes d'expression génique. De même, les « réseaux d'arrière-plan » et les composants principaux sont utilisés de manière interchangeable. Généralement, les « réseaux d'arrière-plan » pourraient être représentés par n'importe quelle méthode de réduction de données qui résume l'expression d'un réseau de gènes. Nous démontrons que sonde par arrière-plan les interactions de réseau améliorent considérablement les prédictions de réponse aux médicaments, au-delà du pouvoir prédictif obtenu en utilisant uniquement des sondes individuelles et des réseaux d'arrière-plan.


L'interaction "sonde par bruit de fond" est la réponse de différentes sondes en fonction de l'expression du gène de fond. Par exemple, en fonction de l'arrière-plan dans lequel se trouve une sonde, la réponse médicamenteuse peut augmenter ou diminuer. Les sondes en fonction du fond sont probablement plus faciles à imaginer que le fond en fonction de la sonde (ce qui est tout aussi valable). Pour 39 115 sondes et 6 réseaux de fond, il y a 234 690 interactions.

D'un point de vue technique, « sonde par arrière-plan » est le terme d'interaction dans le modèle linéaire que les auteurs ajustent pour chaque médicament. Les détails de l'analyse se trouvent dans les méthodes supplémentaires. Le modèle auquel ils correspondent est

Drug_Response ~ Sonde + Sonde * Contexte + Contexte

ce qui se traduit par "La réponse au médicament est modélisée par la sonde, l'interaction de la sonde et de l'arrière-plan et de l'arrière-plan". Le moyen terme (avec le*) est le terme d'interaction. Voici une page qui aide à expliquer comment comprendre les termes d'interaction significatifs dans les modèles linéaires.


Introduction

Confondre est une distorsion de l'association entre une exposition et un résultat qui se produit lorsque les groupes d'étude diffèrent par rapport à d'autres facteurs qui influencent le résultat. Contrairement aux biais de sélection et d'information, qui peuvent être introduits par l'investigateur ou par les sujets, la confusion est un type de biais qui peut être ajusté dans l'analyse, à condition que les investigateurs disposent d'informations sur le statut des sujets de l'étude en ce qui concerne les facteurs de confusion potentiels. les facteurs.

Modification d'effet est distincte de la confusion, elle se produit lorsque l'ampleur de l'effet de l'exposition principale sur un résultat (c'est-à-dire l'association) diffère selon le niveau d'une troisième variable.


Contenu

Le problème corps-esprit concerne l'explication de la relation qui existe entre les esprits, ou processus mentaux, et les états ou processus corporels. [1] L'objectif principal des philosophes travaillant dans ce domaine est de déterminer la nature de l'esprit et des états/processus mentaux, et comment – ​​ou même si – les esprits sont affectés par et peuvent affecter le corps.

Les expériences perceptives dépendent de stimuli qui arrivent du monde extérieur à nos divers organes sensoriels, et ces stimuli provoquent des changements dans nos états mentaux, nous faisant finalement ressentir une sensation, qui peut être agréable ou désagréable. Le désir de quelqu'un pour une part de pizza, par exemple, aura tendance à amener cette personne à bouger son corps d'une manière et dans une direction spécifiques pour obtenir ce qu'elle veut. La question est donc de savoir comment il est possible que des expériences conscientes surgissent à partir d'un bloc de matière grise doté de rien d'autre que des propriétés électrochimiques. [15]

Un problème connexe est de savoir comment les attitudes propositionnelles d'une personne (par exemple, les croyances et les désirs) provoquent l'activation des neurones de cette personne et la contraction des muscles. Celles-ci comprennent quelques-unes des énigmes auxquelles se sont confrontés les épistémologues et les philosophes de l'esprit depuis l'époque de René Descartes. [4]

Solutions dualistes au problème corps-esprit Modifier

Le dualisme est un ensemble de points de vue sur la relation entre l'esprit et la matière (ou le corps). Cela commence par l'affirmation que les phénomènes mentaux sont, à certains égards, non physiques. [5] L'une des premières formulations connues du dualisme corps-esprit a été exprimée dans les écoles orientales Samkhya et Yoga de la philosophie hindoue (vers 650 avant notre ère), qui divisaient le monde en purusha (mental/esprit) et prakriti (substance matérielle) . [28] Plus précisément, le Yoga Sutra de Patanjali présente une approche analytique de la nature de l'esprit.

Dans la philosophie occidentale, les premières discussions sur les idées dualistes se trouvent dans les écrits de Platon qui a suggéré que les humains intelligence (une faculté de l'esprit ou de l'âme) ne pouvait pas être identifié avec, ou expliqué en termes de, leur corps physique. [29] [30] Cependant, la version la plus connue du dualisme est due à René Descartes (1641), et soutient que l'esprit est une substance non étendue, non physique, une "res cogitans". [4] Descartes a été le premier à identifier clairement l'esprit avec la conscience et la conscience de soi, et à le distinguer du cerveau, qui était le siège de l'intelligence. Il fut donc le premier à formuler le problème corps-esprit sous la forme sous laquelle il existe encore aujourd'hui. [4]

Arguments pour le dualisme Modifier

L'argument le plus fréquemment utilisé en faveur du dualisme fait appel à l'intuition de bon sens selon laquelle l'expérience consciente est distincte de la matière inanimée. Si on lui demande ce qu'est l'esprit, la personne moyenne répondra généralement en l'identifiant à elle-même, à sa personnalité, à son âme ou à une autre entité apparentée. Ils nieraient presque certainement que l'esprit est simplement le cerveau, ou vice versa, trouvant l'idée qu'il n'y a qu'une seule entité ontologique en jeu trop mécaniste ou inintelligible. [5] Les philosophes modernes de l'esprit pensent que ces intuitions sont trompeuses, et que les facultés critiques, ainsi que les preuves empiriques des sciences, devraient être utilisées pour examiner ces hypothèses et déterminer s'il y a une base réelle pour elles. [5]

Le mental et le physique semblent avoir des propriétés tout à fait différentes, et peut-être inconciliables. [31] Les événements mentaux ont une qualité subjective, alors que les événements physiques n'en ont pas. Ainsi, par exemple, on peut raisonnablement se demander à quoi ressemble un doigt brûlé, ou à quoi ressemble un ciel bleu, ou à quoi ressemble une belle musique pour une personne. Mais il est dénué de sens, ou du moins étrange, de se demander à quoi ressemble une augmentation de l'absorption de glutamate dans la partie dorsolatérale du cortex préfrontal.

Les philosophes de l'esprit appellent les aspects subjectifs des événements mentaux "qualia" ou "sentiments bruts". [31] Il y a des qualia impliqués dans ces événements mentaux qui semblent particulièrement difficiles à réduire à quelque chose de physique. David Chalmers explique cet argument en déclarant que nous pourrions peut-être connaître toutes les informations objectives sur quelque chose, telles que les états du cerveau et les longueurs d'onde de la lumière impliqués dans la vision de la couleur rouge, mais ne pas toujours savoir quelque chose de fondamental sur la situation - ce que c'est que de voir la couleur rouge. [32]

Si la conscience (l'esprit) peut exister indépendamment de la réalité physique (le cerveau), il faut expliquer comment se créent les souvenirs physiques concernant la conscience. Le dualisme doit donc expliquer comment la conscience affecte la réalité physique. Une explication possible est celle d'un miracle, proposée par Arnold Geulincx et Nicolas Malebranche, où toutes les interactions corps-esprit nécessitent l'intervention directe de Dieu.

Un autre argument qui a été proposé par CS Lewis [33] est l'argument de la raison : si, comme le monisme l'implique, toutes nos pensées sont les effets de causes physiques, alors nous n'avons aucune raison de supposer qu'elles sont aussi la conséquence d'un motif raisonnable. La connaissance, cependant, est appréhendée en raisonnant du fondement au conséquent. Par conséquent, si le monisme est correct, il n'y aurait aucun moyen de le savoir - ou quoi que ce soit d'autre - nous ne pourrions même pas le supposer, sauf par un coup de chance.

L'argument du zombie est basé sur une expérience de pensée proposée par Todd Moody, et développée par David Chalmers dans son livre L'esprit conscient. L'idée de base est que l'on peut imaginer son corps, et donc concevoir l'existence de son corps, sans qu'aucun état conscient ne soit associé à ce corps. L'argument de Chalmers est qu'il semble possible qu'un tel être puisse exister parce que tout ce qui est nécessaire est que toutes et seulement les choses que les sciences physiques décrivent à propos d'un zombie doivent être vraies à son sujet. Étant donné qu'aucun des concepts impliqués dans ces sciences ne fait référence à la conscience ou à d'autres phénomènes mentaux, et que toute entité physique peut par définition être décrite scientifiquement via la physique, le passage de la concevable à la possibilité n'est pas si vaste. [34] D'autres comme Dennett ont soutenu que la notion de zombie philosophique est un concept incohérent, [35] ou improbable, [36]. Il a été soutenu sous le physicalisme que l'on doit soit croire que n'importe qui, y compris soi-même, pourrait être un zombie, ou que personne ne peut être un zombie - suite à l'affirmation que sa propre conviction d'être (ou de ne pas être) un zombie est le produit de le monde physique et n'est donc pas différent de celui des autres. Cet argument a été exprimé par Dennett qui soutient que « les zombies pensent qu'ils sont conscients, pensent qu'ils ont des qualia, pensent qu'ils souffrent - ils ont juste « tort » (selon cette tradition lamentable) d'une manière que ni eux ni nous ne pourrions jamais découvrir. !" [35] Voir aussi le problème des autres esprits.

Dualisme interactionniste Modifier

Le dualisme interactionniste, ou simplement l'interactionnisme, est la forme particulière de dualisme adoptée pour la première fois par Descartes dans le Méditations. [4] Au 20ème siècle, ses défenseurs principaux ont été Karl Popper et John Carew Eccles. [37] C'est le point de vue que les états mentaux, tels que les croyances et les désirs, interagissent causalement avec les états physiques. [5]

L'argument de Descartes pour cette position peut être résumé comme suit : Seth a une idée claire et distincte de son esprit comme une chose pensante qui n'a pas d'extension spatiale (c'est-à-dire qu'il ne peut pas être mesuré en termes de longueur, de poids, de hauteur, etc. ). Il a également une idée claire et distincte de son corps comme quelque chose qui est étendu dans l'espace, sujet à la quantification et incapable de penser. Il s'ensuit que l'esprit et le corps ne sont pas identiques car ils ont des propriétés radicalement différentes. [4]

Les états mentaux de Seth (désirs, croyances, etc.) ont des effets causals sur son corps et vice versa : Un enfant touche un poêle chaud (événement physique) qui provoque de la douleur (événement mental) et le fait hurler (événement physique), ceci à son tour provoque un sentiment de peur et de protection chez l'aidant (événement mental), et ainsi de suite.

L'argument de Descartes repose sur la prémisse que ce que Seth croit être des idées « claires et distinctes » dans son esprit sont nécessairement vraies. Beaucoup de philosophes contemporains en doutent. [38] [39] [40] Par exemple, Joseph Agassi suggère que plusieurs découvertes scientifiques faites depuis le début du 20ème siècle ont sapé l'idée d'un accès privilégié à ses propres idées. Freud a affirmé qu'un observateur formé en psychologie peut mieux comprendre les motivations inconscientes d'une personne que la personne elle-même. Duhem a montré qu'un philosophe des sciences peut mieux connaître les méthodes de découverte d'une personne que cette personne elle-même, tandis que Malinowski a montré qu'un anthropologue peut mieux connaître les coutumes et les habitudes d'une personne que la personne dont elles sont les coutumes et les habitudes. Il affirme également que les expériences psychologiques modernes qui amènent les gens à voir des choses qui n'existent pas permettent de rejeter l'argument de Descartes, car les scientifiques peuvent mieux décrire les perceptions d'une personne que la personne elle-même. [41] [42]

Autres formes de dualisme Modifier

Parallélisme psychophysique Modifier

Parallélisme psychophysique, ou simplement parallélisme, est l'opinion selon laquelle l'esprit et le corps, bien qu'ayant des statuts ontologiques distincts, ne s'influencent pas causalement l'un l'autre. Au lieu de cela, ils suivent des chemins parallèles (les événements mentaux interagissent de manière causale avec les événements mentaux et les événements cérébraux interagissent de manière causale avec les événements cérébraux) et semblent seulement s'influencer les uns les autres. [43] Cette vue a été le plus en évidence défendue par Gottfried Leibniz. Bien que Leibniz était un moniste ontologique qui croyait qu'un seul type de substance, la monade, existe dans l'univers, et que tout y est réductible, il a néanmoins soutenu qu'il y avait une distinction importante entre "le mental" et "le physique" en termes de causalité. Il soutenait que Dieu avait arrangé les choses à l'avance pour que les esprits et les corps soient en harmonie les uns avec les autres. C'est ce qu'on appelle la doctrine de l'harmonie préétablie. [44]

Occasionalisme Modifier

L'occasionnalisme est le point de vue adopté par Nicholas Malebranche ainsi que par des philosophes islamiques tels que Abu Hamid Muhammad ibn Muhammad al-Ghazali qui affirme que toutes les relations supposées causales entre les événements physiques, ou entre les événements physiques et mentaux, ne sont pas vraiment causales du tout. Alors que le corps et l'esprit sont des substances différentes, les causes (qu'elles soient mentales ou physiques) sont liées à leurs effets par un acte d'intervention de Dieu à chaque occasion spécifique. [45]

Dualisme de propriété Modifier

Le dualisme des propriétés est l'idée que le monde est constitué d'un seul type de substance - le type physique - et qu'il existe deux types distincts de propriétés : les propriétés physiques et les propriétés mentales. C'est le point de vue que les propriétés mentales non physiques (telles que les croyances, les désirs et les émotions) sont inhérentes à certains corps physiques (au moins, les cerveaux). Les sous-variétés du dualisme de propriété comprennent :

    affirme que lorsque la matière est organisée de la manière appropriée (c'est-à-dire de la manière dont les corps humains vivants sont organisés), les propriétés mentales émergent d'une manière qui n'est pas entièrement prise en compte par les lois physiques. [5] Ces propriétés émergentes ont un statut ontologique indépendant et ne peuvent être réduites ou expliquées en termes de substrat physique à partir duquel elles émergent. Ils dépendent des propriétés physiques dont ils émergent, mais les opinions varient quant à la cohérence de la causalité descendante, c'est-à-dire l'efficacité causale de ces propriétés. Une forme de matérialisme émergent a été épousée par David Chalmers et le concept a connu une sorte de renaissance ces dernières années, [46] mais il a déjà été suggéré au 19ème siècle par William James. est une doctrine formulée pour la première fois par Thomas Henry Huxley. [47] Il consiste en l'opinion que les phénomènes mentaux sont causalement inefficaces, où un ou plusieurs états mentaux n'ont aucune influence sur les états physiques ou les phénomènes mentaux sont les effets, mais pas les causes, des phénomènes physiques. Les événements physiques peuvent provoquer d'autres événements physiques et mentaux, mais les événements mentaux ne peuvent rien causer puisqu'ils ne sont que des sous-produits causalement inertes (c'est-à-dire des épiphénomènes) du monde physique. [43] Ce point de vue a été défendu par Frank Jackson. [48] ​​est le point de vue selon lequel les propriétés mentales forment une classe ontologique distincte des propriétés physiques : les états mentaux (comme les qualia) ne sont pas réductibles aux états physiques. La position ontologique envers les qualia dans le cas du physicalisme non réducteur n'implique pas que les qualia soient causalement inertes, c'est ce qui le distingue de l'épiphénoménisme. est le point de vue selon lequel toute matière a un aspect mental, ou, alternativement, tous les objets ont un centre d'expérience ou de point de vue unifié. Superficiellement, cela semble être une forme de dualisme de propriété, car il considère que tout a des propriétés à la fois mentales et physiques. Cependant, certains panpsychistes disent que le comportement mécanique est dérivé de la mentalité primitive des atomes et des molécules, tout comme la mentalité sophistiquée et le comportement organique, la différence étant attribuée à la présence ou à l'absence de structure complexe dans un objet composé. Tant que le réduction des propriétés non mentales aux propriétés mentales est en place, le panpsychisme n'est pas une forme (forte) de dualisme des propriétés, sinon il l'est.
Théorie du double aspect Modifier

La théorie du double aspect ou le monisme du double aspect est l'opinion selon laquelle le mental et le physique sont deux aspects ou perspectives de la même substance. (Il s'agit donc d'une position mixte, qui est moniste à certains égards). Dans les écrits philosophiques modernes, la relation de la théorie avec le monisme neutre est devenue quelque peu mal définie, mais une distinction proposée dit que, tandis que le monisme neutre permet au contexte d'un groupe donné d'éléments neutres et aux relations dans lesquelles ils entrent de déterminer si le groupe peut être considéré comme mental, physique, les deux ou aucun, la théorie du double aspect suggère que le mental et le physique sont des manifestations (ou des aspects) d'une substance, d'une entité ou d'un processus sous-jacent qui n'est lui-même ni mental ni physique comme on le comprend normalement. Diverses formulations du monisme à double aspect exigent également que le mental et le physique soient complémentaires, mutuellement irréductibles et peut-être inséparables (bien que distincts). [49] [50] [51]

Dualisme expérientiel Modifier

Il s'agit d'une philosophie de l'esprit qui considère que les degrés de liberté entre bien-être mental et physique ne sont pas synonymes, impliquant ainsi un dualisme expérientiel entre le corps et l'esprit. Un exemple de ces degrés de liberté disparates est donné par Allan Wallace qui note qu'il est "expérientiellement évident que l'on peut être physiquement mal à l'aise - par exemple, lors d'un entraînement physique intense - tout en étant mentalement joyeux à l'inverse, on peut être mentalement désemparé tout en éprouver un confort physique". [52] Le dualisme expérientiel note que notre expérience subjective de simplement voir quelque chose dans le monde physique semble qualitativement différente des processus mentaux comme le chagrin qui vient de la perte d'un être cher. Cette philosophie est un partisan du dualisme causal, qui est défini comme la double capacité des états mentaux et des états physiques à s'affecter les uns les autres. Les états mentaux peuvent provoquer des changements dans les états physiques et vice versa.

Cependant, contrairement au dualisme cartésien ou à d'autres systèmes, le dualisme expérientiel ne pose pas en réalité deux substances fondamentales : l'esprit et la matière. Au contraire, le dualisme expérientiel doit être compris comme un cadre conceptuel qui donne du crédit à la différence qualitative entre l'expérience des états mentaux et physiques. Le dualisme expérientiel est accepté comme le cadre conceptuel du bouddhisme Madhyamaka.

Le bouddhisme Madhayamaka va plus loin, trouvant à redire à la vision moniste des philosophies physicalistes de l'esprit en ce que celles-ci posent généralement la matière et l'énergie comme la substance fondamentale de la réalité. Néanmoins, cela n'implique pas que la vision dualiste cartésienne soit correcte, mais Madhyamaka considère plutôt comme une erreur toute vision affirmant une substance fondamentale de la réalité.

En niant l'auto-existence indépendante de tous les phénomènes qui composent le monde de notre expérience, la vision de Madhyamaka s'écarte à la fois du dualisme de substance de Descartes et du monisme de substance - à savoir le physicalisme - qui est caractéristique de la science moderne. Le physicalisme proposé par de nombreux scientifiques contemporains semble affirmer que le monde réel est composé de choses physiques en elles-mêmes, tandis que tous les phénomènes mentaux sont considérés comme de simples apparences, dépourvues de toute réalité en elles-mêmes. On parle beaucoup de cette différence entre les apparences et la réalité. [52]

En effet, le physicalisme, ou l'idée que la matière est la seule substance fondamentale de la réalité, est explicitement rejetée par le bouddhisme.

Du point de vue du Madhyamaka, les événements mentaux ne sont ni plus ni moins réels que les événements physiques. En termes de notre expérience de bon sens, des différences de nature existent entre les phénomènes physiques et mentaux. Alors que les premiers ont généralement une masse, un emplacement, une vitesse, une forme, une taille et de nombreux autres attributs physiques, ceux-ci ne sont généralement pas caractéristiques des phénomènes mentaux. Par exemple, nous ne concevons généralement pas le sentiment d'affection pour une autre personne comme ayant une masse ou un emplacement. Ces attributs physiques ne sont plus appropriés à d'autres événements mentaux tels que la tristesse, une image rappelée de son enfance, la perception visuelle d'une rose ou la conscience de toute sorte. Les phénomènes mentaux ne sont donc pas considérés comme étant physiques, pour la simple raison qu'ils manquent de nombreux attributs qui sont uniquement caractéristiques des phénomènes physiques. Ainsi, le bouddhisme n'a jamais adopté le principe physicaliste qui considère que seules les choses physiques sont réelles. [52]

Solutions monistes au problème corps-esprit Modifier

Contrairement au dualisme, le monisme n'accepte aucune division fondamentale. La nature fondamentalement disparate de la réalité a été au cœur des formes de philosophies orientales pendant plus de deux millénaires. Dans la philosophie indienne et chinoise, le monisme fait partie intégrante de la façon dont l'expérience est comprise. Aujourd'hui, les formes les plus courantes de monisme dans la philosophie occidentale sont physicalistes. [15] Le monisme physicaliste affirme que la seule substance existante est physique, dans un certain sens de ce terme à clarifier par notre meilleure science. [53] Cependant, diverses formulations (voir ci-dessous) sont possibles. Une autre forme de monisme, l'idéalisme, affirme que la seule substance existante est mentale. Bien que l'idéalisme pur, comme celui de George Berkeley, soit rare dans la philosophie occidentale contemporaine, une variante plus sophistiquée appelée panpsychisme, selon laquelle l'expérience et les propriétés mentales peuvent être à la base de l'expérience et des propriétés physiques, a été adoptée par certains philosophes tels que comme Alfred North Whitehead [54] et David Ray Griffin. [46]

Le phénoménalisme est la théorie selon laquelle les représentations (ou données sensorielles) des objets externes sont tout ce qui existe. Un tel point de vue a été brièvement adopté par Bertrand Russell et de nombreux positivistes logiques au début du 20e siècle. [55] Une troisième possibilité est d'accepter l'existence d'une substance de base qui n'est ni physique ni mentale. Le mental et le physique seraient alors tous deux des propriétés de cette substance neutre. Une telle position a été adoptée par Baruch Spinoza [6] et popularisée par Ernst Mach [56] au XIXe siècle. Ce monisme neutre, comme on l'appelle, ressemble au dualisme de propriété.

Monismes physicalistes Modifier

Comportementalisme Modifier

Le behaviorisme a dominé la philosophie de l'esprit pendant une grande partie du 20e siècle, en particulier la première moitié. [15] En psychologie, le behaviorisme s'est développé en réaction aux insuffisances de l'introspectionnisme. [53] Les rapports d'introspection sur sa propre vie mentale intérieure ne sont pas soumis à un examen minutieux pour l'exactitude et ne peuvent pas être utilisés pour former des généralisations prédictives. Sans généralisation et sans possibilité d'examen à la troisième personne, ont soutenu les comportementalistes, la psychologie ne peut pas être scientifique. [53] La solution était donc d'éliminer complètement l'idée d'une vie mentale intérieure (et donc d'un esprit ontologiquement indépendant) et de se concentrer à la place sur la description d'un comportement observable. [57]

Parallèlement à ces développements de la psychologie, un béhaviorisme philosophique (parfois appelé béhaviorisme logique) s'est développé. [53] Ceci est caractérisé par un fort vérificationnisme, qui considère généralement inutiles les déclarations invérifiables sur la vie mentale intérieure. Pour le comportementaliste, les états mentaux ne sont pas des états intérieurs sur lesquels on peut faire des constats introspectifs. Ce ne sont que des descriptions de comportements ou de dispositions à se comporter d'une certaine manière, faites par des tiers pour expliquer et prédire le comportement d'autrui. [58]

Le behaviorisme philosophique est tombé en disgrâce depuis la seconde moitié du 20e siècle, coïncidant avec la montée du cognitivisme. [1]

Théorie de l'identité Modifier

Le physicalisme de type (ou théorie de l'identité de type) a été développé par Jack Smart [22] et Ullin Place [59] en réaction directe à l'échec du béhaviorisme. Ces philosophes ont estimé que, si les états mentaux sont quelque chose de matériel, mais pas de comportement, alors les états mentaux sont probablement identiques aux états internes du cerveau. En termes très simplifiés : un état mental M n'est rien d'autre que l'état du cerveau B. L'état mental « envie d'une tasse de café » ne serait donc rien de plus que « l'excitation de certains neurones dans certaines régions du cerveau ». [22]

D'un autre côté, même en admettant ce qui précède, il ne s'ensuit pas que les théories de l'identité de tous types doivent être abandonnées. Selon les théories de l'identité symbolique, le fait qu'un certain état cérébral soit lié à un seul état mental d'une personne ne signifie pas nécessairement qu'il existe une corrélation absolue entre les types d'état mental et les types d'état cérébral. La distinction type-jeton peut être illustrée par un exemple simple : le mot « vert » contient quatre types de lettres (g, r, e, n) avec deux jetons (occurrences) de la lettre e avec chacun des autres. L'idée de l'identité symbolique est que seules des occurrences particulières d'événements mentaux sont identiques à des occurrences ou des symboles particuliers d'événements physiques. [60] Le monisme anormal (voir ci-dessous) et la plupart des autres physicalismes non réducteurs sont des théories de l'identité symbolique. [61] Malgré ces problèmes, il y a aujourd'hui un regain d'intérêt pour la théorie de l'identité de type, principalement en raison de l'influence de Jaegwon Kim. [22]

Fonctionnalisme Modifier

Le fonctionnalisme a été formulé par Hilary Putnam et Jerry Fodor en réaction aux insuffisances de la théorie de l'identité. [24] Putnam et Fodor ont vu les états mentaux en termes de théorie computationnelle empirique de l'esprit. [62] À peu près au même moment ou peu après, D.M. Armstrong et David Kellogg Lewis ont formulé une version du fonctionnalisme qui analysait les concepts mentaux de la psychologie populaire en termes de rôles fonctionnels. [63] Enfin, l'idée de Wittgenstein du sens comme utilisation a conduit à une version du fonctionnalisme en tant que théorie du sens, développée plus avant par Wilfrid Sellars et Gilbert Harman. Un autre, le psychofonctionnalisme, est une approche adoptée par la philosophie naturaliste de l'esprit associée à Jerry Fodor et Zenon Pylyshyn.

Les états mentaux sont caractérisés par leurs relations causales avec d'autres états mentaux et avec des entrées sensorielles et des sorties comportementales. Le fonctionnalisme fait abstraction des détails de la mise en œuvre physique d'un état mental en le caractérisant en termes de propriétés fonctionnelles non mentales. Par exemple, un rein se caractérise scientifiquement par son rôle fonctionnel dans la filtration du sang et le maintien de certains équilibres chimiques. [62]

Physicalisme non réducteur Modifier

Les philosophes non réductionnistes tiennent fermement à deux convictions essentielles concernant les relations corps-esprit : 1) Le physicalisme est vrai et les états mentaux doivent être des états physiques, mais 2) Toutes les propositions réductionnistes sont insatisfaisantes : les états mentaux ne peuvent être réduits au comportement, aux états du cerveau ou états fonctionnels. [53] Dès lors, la question se pose de savoir s'il peut encore y avoir un physicalisme non réducteur. Le monisme anormal de Donald Davidson [23] est une tentative de formuler un tel physicalisme. Il « pense que lorsque l'on rencontre ce qui est traditionnellement considéré comme des absurdités de la Raison, telles que l'akrasia ou l'auto-tromperie, le cadre de la psychologie personnelle ne doit pas être abandonné au profit du subpersonnel, mais doit plutôt être élargi ou étendu afin que la rationalité énoncée par le principe de charité se trouve ailleurs. [64]

Davidson utilise la thèse de la survenance : les états mentaux surviennent sur les états physiques, mais ne leur sont pas réductibles. La « survenance » décrit donc une dépendance fonctionnelle : il ne peut y avoir de changement dans le mental sans un changement dans la réductibilité physico-causale entre le mental et le physique sans réductibilité ontologique. [65]

Le physicalisme non réducteur, cependant, est inconciliable avec l'identité de soi au fil du temps. Le cerveau va d'un instant à l'autre le cerveau a donc une identité à travers le temps. Mais ses états de conscience ne se prolongent pas d'un instant à l'autre. Il n'y a pas de moi durable – pas de « je » (je majuscule) qui continue d'un moment à l'autre. Une analogie du soi ou du « je » serait la flamme d'une bougie. La bougie et la mèche s'allument d'un instant à l'autre, mais la flamme ne s'allume pas. Il y a une flamme différente à chaque instant de la combustion de la bougie. La flamme affiche une sorte de continuité dans la mesure où la bougie ne s'éteint pas pendant qu'elle brûle, mais il n'y a pas vraiment d'identité de la flamme d'un instant à l'autre dans le temps. Le scénario est similaire sur le physicalisme non réducteur avec des états de conscience. Chaque état du cerveau à des moments différents a un état de conscience différent qui lui est lié, mais il n'y a pas de soi ou de « moi » durable d'un moment à l'autre. De même, c'est une illusion que l'on soit le même individu qui est entré en classe ce matin. En fait, on n'est pas le même individu car il n'y a pas d'identité personnelle dans le temps. Si quelqu'un existe et qu'il s'agit du même individu qui est entré en classe ce matin, alors une vision physicaliste non réductrice de soi devrait être rejetée. [27]

Parce que les théories physicalistes non réductrices tentent à la fois de conserver la distinction ontologique entre l'esprit et le corps et d'essayer de résoudre le " casse-tête de la surabondance d'explications " d'une certaine manière, les critiques voient souvent cela comme un paradoxe et soulignent les similitudes avec l'épiphénoménisme, en ce sens qu'il est le cerveau qui est vu comme la racine "cause" pas l'esprit, et l'esprit semble être rendu inerte.

L'épiphénoménisme considère un ou plusieurs états mentaux comme le sous-produit des états physiques du cerveau, n'ayant aucune influence sur les états physiques. L'interaction est à sens unique (résolvant le « casse-tête de la surabondance d'explications »), mais nous laissant avec des états mentaux non réductibles (en tant que sous-produit des états cérébraux) - causalement réductibles, mais ontologiquement irréductibles aux états physiques. La douleur serait considérée par les épiphénoménalistes comme étant causée par l'état du cerveau mais comme n'ayant pas d'effets sur d'autres états cérébraux, bien qu'elle puisse avoir des effets sur d'autres états mentaux (c'est-à-dire provoquer une détresse).

Emergentisme faible Modifier

L'émergentisme faible est une forme de « physicalisme non réducteur » qui implique une vue en couches de la nature, les couches étant disposées en termes de complexité croissante et chacune correspondant à sa propre science particulière. Certains philosophes [ qui? ] soutiennent que les propriétés émergentes interagissent causalement avec des niveaux plus fondamentaux, tandis que d'autres soutiennent que les propriétés d'ordre supérieur surviennent simplement sur des niveaux inférieurs sans interaction causale directe. Ce dernier groupe détient donc une définition moins stricte, ou « plus faible », de l'émergentisme, qui peut être rigoureusement énoncée comme suit : une propriété P de l'objet composite O est émergente s'il est métaphysiquement impossible qu'un autre objet manque de la propriété P si cet objet est composé de parties ayant des propriétés intrinsèques identiques à celles de O et a ces parties dans une configuration identique. [ citation requise ]

Parfois, les urgentistes utilisent l'exemple de l'eau ayant une nouvelle propriété lorsque l'hydrogène H et l'oxygène O se combinent pour former H2O (eau). Dans cet exemple, il « émerge » une nouvelle propriété d'un liquide transparent qui n'aurait pas été prédite en comprenant l'hydrogène et l'oxygène comme des gaz. Ceci est analogue aux propriétés physiques du cerveau donnant lieu à un état mental. Les émergentistes tentent de résoudre le fameux fossé entre l'esprit et le corps de cette façon. Un problème pour l'émergentisme est l'idée de "fermeture causale" dans le monde qui ne permet pas une causalité esprit-corps. [66]

Matérialisme éliminatoire Modifier

Si l'on est matérialiste et croit que tous les aspects de notre psychologie de bon sens seront réduits à une neuroscience cognitive mature, et que le matérialisme non réducteur se trompe, alors on peut adopter une position finale, plus radicale : le matérialisme éliminatoire.

Il existe plusieurs variétés de matérialisme éliminatoire, mais tous soutiennent que notre « psychologie populaire » de bon sens déforme mal la nature de certains aspects de la cognition. Des éliminativistes tels que Patricia et Paul Churchland soutiennent que si la psychologie populaire traite la cognition comme fondamentalement semblable à une phrase, le modèle vecteur/matrice non linguistique de la théorie des réseaux neuronaux ou du connexionnisme se révélera être un compte rendu beaucoup plus précis du fonctionnement du cerveau. [20]

Les Churchlands invoquent souvent le sort d'autres théories et ontologies populaires erronées qui ont surgi au cours de l'histoire. [20] [21] Par exemple, l'astronomie ptolémaïque a servi à expliquer et à prédire grossièrement les mouvements des planètes pendant des siècles, mais finalement ce modèle du système solaire a été éliminé en faveur du modèle copernicien. Les Churchlands croient que le même sort éliminatoire attend le modèle de l'esprit « sentence-cruncher » dans lequel la pensée et le comportement sont le résultat de la manipulation d'états semblables à des phrases appelés « attitudes propositionnelles ».

Mystérianisme Modifier

Certains philosophes adoptent une approche épistémique et soutiennent que le problème corps-esprit est actuellement insoluble et restera peut-être toujours insoluble pour les êtres humains. C'est ce qu'on appelle généralement le Nouveau Mystérianisme. Colin McGinn soutient que les êtres humains sont cognitivement fermés en ce qui concerne leur propre esprit. Selon McGinn, les esprits humains n'ont pas les procédures de formation de concept pour saisir pleinement comment les propriétés mentales telles que la conscience découlent de leur base causale. [67] Un exemple serait comment un éléphant est fermé cognitivement en ce qui concerne la physique des particules.

Une conception plus modérée a été exposée par Thomas Nagel, qui soutient que le problème corps-esprit est actuellement insoluble au stade actuel du développement scientifique et qu'il faudra peut-être un futur changement de paradigme scientifique ou une révolution pour combler le fossé explicatif. Nagel postule qu'à l'avenir une sorte de « phénoménologie objective » pourrait être en mesure de combler le fossé entre l'expérience consciente subjective et sa base physique. [68]

Critique linguistique du problème corps-esprit Modifier

Chaque tentative de répondre au problème corps-esprit se heurte à des problèmes substantiels. Certains philosophes soutiennent que c'est parce qu'il existe une confusion conceptuelle sous-jacente. [69] Ces philosophes, comme Ludwig Wittgenstein et ses adeptes dans la tradition de la critique linguistique, rejettent donc le problème comme illusoire. [70] Ils soutiennent que c'est une erreur de demander comment les états mentaux et biologiques s'articulent. Il faudrait plutôt simplement accepter que l'expérience humaine puisse être décrite de différentes manières, par exemple dans un vocabulaire mental et biologique. Des problèmes illusoires surviennent si l'on essaie de décrire l'un en fonction du vocabulaire de l'autre ou si le vocabulaire mental est utilisé dans de mauvais contextes. [70] C'est le cas, par exemple, si l'on recherche des états mentaux du cerveau. Le cerveau est simplement le mauvais contexte pour l'utilisation du vocabulaire mental - la recherche d'états mentaux du cerveau est donc une erreur de catégorie ou une sorte d'erreur de raisonnement. [70]

Aujourd'hui, une telle position est souvent adoptée par des interprètes de Wittgenstein comme Peter Hacker. [69] Cependant, Hilary Putnam, l'initiatrice du fonctionnalisme, a également adopté la position que le problème corps-esprit est un problème illusoire qui devrait être dissous à la manière de Wittgenstein. [71]

Le naturalisme et ses problèmes Modifier

La thèse du physicalisme est que l'esprit fait partie du monde matériel (ou physique). Une telle position fait face au problème que l'esprit a certaines propriétés qu'aucune autre chose matérielle ne semble posséder. Le physicalisme doit donc expliquer comment il est possible que ces propriétés puissent néanmoins émerger d'une chose matérielle. Le projet de fournir une telle explication est souvent qualifié de « naturalisation du mental ». [53] Certains des problèmes cruciaux que ce projet tente de résoudre incluent l'existence de qualia et la nature de l'intentionnalité. [53]

Qualia Modifier

De nombreux états mentaux semblent être vécus subjectivement de différentes manières par différents individus. [32] Et il est caractéristique d'un état mental d'avoir une certaine expérience qualité, par exemple. de douleur, que ça fait mal. Cependant, la sensation de douleur entre deux personnes peut ne pas être identique, car personne ne dispose d'un moyen parfait pour mesurer à quel point quelque chose fait mal ou pour décrire exactement ce que l'on ressent. Philosophes et scientifiques se demandent donc d'où viennent ces expériences. L'existence d'événements cérébraux, en soi, ne peut expliquer pourquoi ils sont accompagnés de ces expériences qualitatives correspondantes. L'énigme de la raison pour laquelle de nombreux processus cérébraux se produisent avec un aspect expérientiel qui les accompagne dans la conscience semble impossible à expliquer. [31]

Pourtant, il semble aussi à beaucoup que la science devra éventuellement expliquer de telles expériences. [53] Cela découle d'une hypothèse sur la possibilité d'explications réductrices. Selon ce point de vue, si une tentative peut être faite avec succès pour expliquer un phénomène de manière réductrice (par exemple, l'eau), alors il peut être expliqué pourquoi le phénomène a toutes ses propriétés (par exemple, la fluidité, la transparence). [53] Dans le cas des états mentaux, cela signifie qu'il faut expliquer pourquoi ils ont la propriété d'être vécus d'une certaine manière.

Le philosophe allemand du XXe siècle Martin Heidegger a critiqué les hypothèses ontologiques qui sous-tendent un modèle aussi réducteur et a affirmé qu'il était impossible de donner un sens à l'expérience en ces termes. C'est parce que, selon Heidegger, la nature de notre expérience subjective et ses qualités est impossible à comprendre en termes de "substances" cartésiennes qui portent des "propriétés". Une autre façon de le dire est que le concept même d'expérience qualitative est incohérent en termes de - ou est sémantiquement incommensurable avec le concept de - substances qui portent des propriétés. [72]

Ce problème d'explication des aspects introspectifs à la première personne des états mentaux et de la conscience en général en termes de neuroscience quantitative à la troisième personne est appelé le fossé explicatif. [73] Il existe plusieurs points de vue différents sur la nature de cet écart parmi les philosophes de l'esprit contemporains. David Chalmers et le premier Frank Jackson interprètent l'écart comme de nature ontologique, c'est-à-dire qu'ils maintiennent que les qualia ne peuvent jamais être expliquées par la science parce que le physicalisme est faux. Il y a deux catégories distinctes impliquées et l'une ne peut être réduite à l'autre. [74] Un autre point de vue est adopté par des philosophes tels que Thomas Nagel et Colin McGinn. Selon eux, l'écart est de nature épistémologique. Pour Nagel, la science n'est pas encore capable d'expliquer l'expérience subjective parce qu'elle n'est pas encore arrivée au niveau ou au type de connaissance requis. Nous ne sommes même pas capables de formuler le problème de manière cohérente. [32] Pour McGinn, d'autre part, le problème est l'un des limitations biologiques permanentes et inhérentes. Nous ne sommes pas en mesure de résoudre le fossé explicatif parce que le domaine des expériences subjectives nous est cognitivement fermé de la même manière que la physique quantique est cognitivement fermée aux éléphants. [75] D'autres philosophes liquident l'écart comme un problème purement sémantique. Ce problème sémantique, bien sûr, a conduit au fameux "Question de qualité", lequel est: Le rouge provoque-t-il des rougeurs?

Intentionnalité Modifier

L'intentionnalité est la capacité des états mentaux à se diriger vers (À propos) ou être en relation avec quelque chose dans le monde extérieur. [26] Cette propriété des états mentaux implique qu'ils ont des contenus et des référents sémantiques et peuvent donc se voir attribuer des valeurs de vérité. Quand on essaie de réduire ces états à des processus naturels, un problème surgit : les processus naturels ne sont ni vrais ni faux, ils se produisent tout simplement. [76] Cela n'aurait aucun sens de dire qu'un processus naturel est vrai ou faux. Mais les idées ou jugements mentaux sont vrais ou faux, alors comment les états mentaux (idées ou jugements) peuvent-ils être des processus naturels ? La possibilité d'attribuer une valeur sémantique aux idées doit signifier que ces idées concernent des faits. Ainsi, par exemple, l'idée qu'Hérodote était historien renvoie à Hérodote et au fait qu'il était historien. Si le fait est vrai, alors l'idée est vraie sinon, elle est fausse. Mais d'où vient cette relation ? Dans le cerveau, il n'y a que des processus électrochimiques et ceux-ci semblent n'avoir rien à voir avec Hérodote. [25]

La philosophie de la perception s'intéresse à la nature de l'expérience perceptive et au statut des objets perceptifs, en particulier à la manière dont l'expérience perceptive est liée aux apparences et aux croyances sur le monde. Les principaux points de vue contemporains au sein de la philosophie de la perception comprennent le réalisme naïf, l'énactivisme et les points de vue représentationnels. [2] [3] [77]

Les humains sont des êtres corporels et, en tant que tels, ils sont soumis à l'examen et à la description des sciences naturelles. Puisque les processus mentaux sont intimement liés aux processus corporels, les descriptions que les sciences naturelles fournissent des êtres humains jouent un rôle important dans la philosophie de l'esprit. [1] Il existe de nombreuses disciplines scientifiques qui étudient les processus liés au mental. La liste de ces sciences comprend : la biologie, l'informatique, les sciences cognitives, la cybernétique, la linguistique, la médecine, la pharmacologie et la psychologie. [78]

Neurobiologie Modifier

Le contexte théorique de la biologie, comme c'est le cas des sciences naturelles modernes en général, est fondamentalement matérialiste. Les objets d'étude sont, en premier lieu, les processus physiques, qui sont considérés comme les fondements de l'activité mentale et du comportement. [79] Le succès croissant de la biologie dans l'explication des phénomènes mentaux peut être vu par l'absence de toute réfutation empirique de sa présupposition fondamentale : « il ne peut y avoir de changement dans les états mentaux d'une personne sans un changement dans les états cérébraux ». [78]

Dans le domaine de la neurobiologie, il existe de nombreuses sous-disciplines qui s'intéressent aux relations entre les états et les processus mentaux et physiques : [79] La neurophysiologie sensorielle étudie la relation entre les processus de perception et de stimulation. [80] Les neurosciences cognitives étudient les corrélations entre les processus mentaux et les processus neuronaux. [80] La neuropsychologie décrit la dépendance des facultés mentales à des régions anatomiques spécifiques du cerveau. [80] Enfin, la biologie évolutive étudie les origines et le développement du système nerveux humain et, en tant que base de l'esprit, décrit également le développement ontogénétique et phylogénétique des phénomènes mentaux à partir de leurs stades les plus primitifs. [78] La biologie évolutive impose en outre des contraintes strictes à toute théorie philosophique de l'esprit, car le mécanisme de sélection naturelle basé sur les gènes ne permet aucun pas de géant dans le développement de la complexité neuronale ou du logiciel neuronal, mais seulement des étapes incrémentielles sur de longues périodes. [81]

Les percées méthodologiques des neurosciences, en particulier l'introduction de procédures de neuroimagerie de haute technologie, ont propulsé les scientifiques vers l'élaboration de programmes de recherche de plus en plus ambitieux : l'un des principaux objectifs est de décrire et de comprendre les processus neuronaux qui correspondent aux fonctions mentales (voir : corrélat neuronal). [79] Plusieurs groupes s'inspirent de ces avancées.

Informatique Modifier

L'informatique s'occupe du traitement automatique de l'information (ou du moins des systèmes physiques de symboles auxquels l'information est attribuée) au moyen d'éléments tels que les ordinateurs. [82] Depuis le début, les programmeurs informatiques ont été capables de développer des programmes qui permettent aux ordinateurs d'effectuer des tâches pour lesquelles les êtres organiques ont besoin d'un esprit. Un exemple simple est la multiplication. Il n'est pas clair si l'on peut dire que les ordinateurs ont un esprit. Pourraient-ils, un jour, avoir ce que nous appelons un esprit ? Cette question a été propulsée au premier plan de nombreux débats philosophiques en raison d'enquêtes dans le domaine de l'intelligence artificielle (IA).

Au sein de l'IA, il est courant de faire la distinction entre un programme de recherche modeste et un programme plus ambitieux : cette distinction a été forgée par John Searle en termes d'IA faible et d'IA forte. L'objectif exclusif de "l'IA faible", selon Searle, est la simulation réussie d'états mentaux, sans aucune tentative de rendre les ordinateurs conscients ou conscients, etc. L'objectif de l'IA forte, au contraire, est un ordinateur avec une conscience similaire à celui des êtres humains. [83] Le programme d'IA forte remonte à l'un des pionniers du calcul Alan Turing. En réponse à la question « Les ordinateurs peuvent-ils penser ? », il a formulé le fameux test de Turing. [84] Turing croyait qu'on pouvait dire qu'un ordinateur « pense » lorsque, s'il est placé dans une pièce à côté d'une autre pièce contenant un être humain et avec les mêmes questions posées à la fois à l'ordinateur et à l'être humain par un être humain tiers, les réponses de l'ordinateur se sont avérées indiscernables de celles de l'humain. Essentiellement, la vision de Turing de l'intelligence artificielle suivait le modèle comportementaliste de l'esprit : l'intelligence est comme l'intelligence. Le test de Turing a reçu de nombreuses critiques, parmi lesquelles la plus célèbre est probablement l'expérience de pensée en chambre chinoise formulée par Searle. [83]

La question de la sensibilité possible (qualia) des ordinateurs ou des robots reste encore ouverte. Certains informaticiens pensent que la spécialité de l'IA peut encore apporter de nouvelles contributions à la résolution du "problème corps-esprit". Ils suggèrent que sur la base des influences réciproques entre le logiciel et le matériel qui ont lieu dans tous les ordinateurs, il est possible qu'un jour des théories puissent être découvertes qui nous aident à comprendre les influences réciproques entre l'esprit humain et le cerveau (wetware). [85]

Psychologie Modifier

La psychologie est la science qui étudie directement les états mentaux. Il utilise des méthodes généralement empiriques pour enquêter sur des états mentaux concrets comme la joie, la peur ou les obsessions. La psychologie étudie les lois qui lient ces états mentaux les uns aux autres ou avec les entrées et sorties de l'organisme humain. [86]

Un exemple en est la psychologie de la perception. Les scientifiques travaillant dans ce domaine ont découvert des principes généraux de perception des formes. Une loi de la psychologie des formes dit que les objets qui se déplacent dans la même direction sont perçus comme liés les uns aux autres. [78] Cette loi décrit une relation entre l'entrée visuelle et les états perceptifs mentaux. Cependant, il ne suggère rien sur la nature des états perceptifs. Les lois découvertes par la psychologie sont compatibles avec toutes les réponses au problème corps-esprit déjà décrites.

Sciences cognitives Modifier

Les sciences cognitives sont l'étude scientifique interdisciplinaire de l'esprit et de ses processus. Il examine ce qu'est la cognition, ce qu'elle fait et comment elle fonctionne. Il comprend des recherches sur l'intelligence et le comportement, en particulier sur la façon dont l'information est représentée, traitée et transformée (dans des facultés telles que la perception, le langage, la mémoire, le raisonnement et l'émotion) au sein des systèmes nerveux (humains ou autres animaux) et des machines (par exemple, les ordinateurs ). Les sciences cognitives se composent de plusieurs disciplines de recherche, notamment la psychologie, l'intelligence artificielle, la philosophie, les neurosciences, la linguistique, l'anthropologie, la sociologie et l'éducation. [87] Il couvre de nombreux niveaux d'analyse, des mécanismes d'apprentissage et de décision de bas niveau à la logique et à la planification de haut niveau, des circuits neuronaux à l'organisation modulaire du cerveau. Rowlands soutient que la cognition est énactive, incarnée, intégrée, affective et (potentiellement) étendue. La position est prise que le "sandwich classique" de la cognition pris en sandwich entre la perception et l'action est la cognition artificielle doit être considérée comme le produit d'une interaction fortement couplée qui ne peut pas être divisée de cette façon. [88] [89]

Recherche de mort imminente Modifier

Dans le domaine de la recherche sur la mort imminente, le phénomène suivant, entre autres, se produit : Par exemple, lors de certaines opérations cérébrales, le cerveau est artificiellement et mesurablement désactivé. Néanmoins, certains patients rapportent au cours de cette phase qu'ils ont perçu ce qui se passe dans leur environnement, c'est-à-dire qu'ils ont eu conscience. Les patients rapportent également des expériences lors d'un arrêt cardiaque. Il y a le problème suivant : Dès que le cerveau n'est plus alimenté en sang et donc en oxygène après un arrêt cardiaque, le cerveau cesse son fonctionnement normal après environ 15 secondes, c'est-à-dire que le cerveau tombe dans un état d'inconscience. [90]

La plupart des discussions dans cet article se sont concentrées sur un style ou une tradition de philosophie dans la culture occidentale moderne, généralement appelée philosophie analytique (parfois décrite comme philosophie anglo-américaine). [91] Beaucoup d'autres écoles de pensée existent, cependant, qui sont parfois englobées sous l'étiquette large (et vague) de philosophie continentale. [91] Quoi qu'il en soit, si les thèmes et les méthodes sont ici nombreux, en ce qui concerne la philosophie de l'esprit, les différentes écoles qui relèvent de cette étiquette (phénoménologie, existentialisme, etc.) se distinguent globalement de l'école analytique en ce que ils se concentrent moins uniquement sur le langage et l'analyse logique, mais englobent également d'autres formes de compréhension de l'existence et de l'expérience humaines. En ce qui concerne spécifiquement la discussion sur l'esprit, cela tend à se traduire par des tentatives pour saisir les concepts de pensée et d'expérience perceptive dans un sens qui n'implique pas simplement l'analyse des formes linguistiques. [91]

celui d'Emmanuel Kant Critique de la raison pure, publié pour la première fois en 1781 et présenté à nouveau avec des révisions majeures en 1787, représente une intervention significative dans ce qui deviendra plus tard la philosophie de l'esprit. La première critique de Kant est généralement reconnue comme l'une des œuvres les plus significatives de la philosophie moderne en Occident. Kant est une figure dont l'influence est marquée à la fois dans la philosophie continentale et analytique/anglo-américaine. L'œuvre de Kant développe une étude approfondie de la conscience transcendantale, ou de la vie de l'esprit telle qu'elle est conçue à travers les catégories universelles de la compréhension.

Dans Georg Wilhelm Friedrich Hegel Philosophie de l'esprit (souvent traduit par Philosophie de l'esprit ou Geist), [92] la troisième partie de son Encyclopédie des sciences philosophiques, Hegel discute trois types distincts d'esprit : l'« esprit/esprit subjectif », l'esprit d'un individu l'« esprit/esprit objectif », l'esprit de la société et de l'État et l'« esprit/esprit absolu », la position de religion, art et philosophie. Voir aussi Hegel La phénoménologie de l'esprit. Néanmoins, l'œuvre de Hegel diffère radicalement du style de la philosophie de l'esprit anglo-américaine.

En 1896, Henri Bergson fait en Matière et mémoire "Essai sur la relation du corps et de l'esprit" un cas fort de la différence ontologique du corps et de l'esprit en réduisant le problème à celui plus défini de la mémoire, permettant ainsi une solution construite sur la cas de test empirique d'aphasie.

Dans les temps modernes, les deux principales écoles qui se sont développées en réponse ou en opposition à cette tradition hégélienne sont la phénoménologie et l'existentialisme. La phénoménologie, fondée par Edmund Husserl, se concentre sur le contenu de l'esprit humain (voir noème) et sur la façon dont les processus façonnent nos expériences. [93] L'existentialisme, une école de pensée fondée sur les travaux de Søren Kierkegaard, se concentre sur la situation difficile humaine et sur la façon dont les gens gèrent la situation d'être en vie. La phénoménologie existentielle représente une branche majeure de la philosophie continentale (elles ne sont pas contradictoires), enracinée dans l'œuvre de Husserl mais exprimée dans ses formes les plus complètes dans l'œuvre de Martin Heidegger, Jean-Paul Sartre, Simone de Beauvoir et Maurice Merleau-Ponty. Voir chez Heidegger L'être et le temps, Merleau-Ponty Phénoménologie de la perception, celui de Sartre L'être et le néant, et celle de Simone de Beauvoir Le deuxième sexe.

Il existe d'innombrables sujets qui sont touchés par les idées développées dans la philosophie de l'esprit. Des exemples clairs en sont la nature de la mort et son caractère définitif, la nature de l'émotion, de la perception et de la mémoire. Questions sur ce qu'est une personne et ce que son identité a à voir avec la philosophie de l'esprit. Il y a deux sujets qui, en rapport avec la philosophie de l'esprit, ont suscité une attention particulière : le libre arbitre et le moi. [1]

Libre arbitre Modifier

Dans le contexte de la philosophie de l'esprit, le problème du libre arbitre prend une intensité renouvelée. C'est le cas des déterministes matérialistes. [1] Selon cette position, les lois naturelles déterminent complètement le cours du monde matériel. Les états mentaux, et donc aussi la volonté, seraient des états matériels, ce qui signifie que le comportement et les décisions humains seraient entièrement déterminés par les lois naturelles. Certains vont plus loin dans ce raisonnement : les gens ne peuvent pas déterminer par eux-mêmes ce qu'ils veulent et ce qu'ils font. Par conséquent, ils ne sont pas gratuits. [94]

Cette argumentation est rejetée, d'une part, par les compatibilistes. Ceux qui adoptent cette position suggèrent que la question « Sommes-nous libres ? ne peut être répondu qu'une fois que nous avons déterminé ce que signifie le terme « gratuit ». Le contraire de "libre" n'est pas "causé" mais "contraint" ou "contraint". Il n'est pas approprié d'identifier la liberté avec l'indétermination. Un acte libre est celui où l'agent aurait pu faire autrement s'il en avait choisi autrement. En ce sens, une personne peut être libre même si le déterminisme est vrai. [94] Le compatibiliste le plus important dans l'histoire de la philosophie était David Hume. [95] Plus récemment, cette position est défendue, par exemple, par Daniel Dennett. [96]

D'un autre côté, il y a aussi beaucoup d'incompatibilités qui rejettent l'argument parce qu'ils croient que la volonté est libre dans un sens plus fort appelé libertarisme. [94] Ces philosophes affirment que le cours du monde n'est soit a) pas complètement déterminé par la loi naturelle où la loi naturelle est interceptée par une agence physiquement indépendante, [97] b) déterminé par la loi naturelle indéterministe uniquement, ou c) déterminé par la loi naturelle indéterministe loi en accord avec l'effort subjectif d'agence physiquement non réductible. [98] Sous le libertarisme, la volonté n'a pas à être déterministe et, par conséquent, elle est potentiellement libre. Les critiques de la seconde proposition (b) accusent les incompatibilités d'utiliser une conception incohérente de la liberté. Ils argumentent comme suit : si notre volonté n'est déterminée par rien, alors nous désirons ce que nous désirons par pur hasard. Et si ce que nous désirons est purement accidentel, nous ne sommes pas libres. Donc si notre volonté n'est déterminée par rien, nous ne sommes pas libres. [94]

Auto-édition

La philosophie de l'esprit a également des conséquences importantes pour le concept de "soi". Si par « moi » ou « je » on se réfère à un noyau essentiel et immuable du personne, certains philosophes modernes de l'esprit, comme Daniel Dennett, pensent que rien de tel n'existe. Selon Dennett et d'autres contemporains, le soi est considéré comme une illusion. [99] L'idée d'un soi comme noyau essentiel immuable dérive de l'idée d'une âme immatérielle. Une telle idée est inacceptable pour les philosophes modernes aux orientations physicalistes et leur scepticisme général à l'égard du concept de « moi » tel que postulé par David Hume, qui n'a jamais pu se rattraper ne pas faire, penser ou ressentir quoi que ce soit. [100] Cependant, à la lumière des résultats empiriques de la psychologie du développement, de la biologie du développement et des neurosciences, l'idée d'un noyau matériel inconstant essentiel - un système de représentation intégré réparti sur des modèles changeants de connexions synaptiques - semble raisonnable. [101]


Contenu

Le concept sous-jacent est que lorsque la somme totale de l'énergie et de la quantité de mouvement de plusieurs modes vibrationnels est nulle, ils sont libres de se mélanger via des non-linéarités dans le système à l'étude. Les modes pour lesquels l'énergie et la quantité de mouvement ne sont pas égales à zéro ne peuvent pas interagir, car cela impliquerait une violation de la conservation de l'énergie/de la quantité de mouvement. La quantité de mouvement d'une onde est donnée par son vecteur d'onde k et son énergie ω découle de la relation de dispersion pour le système.

Par exemple, pour trois ondes dans un milieu continu, la condition de résonance est conventionnellement écrite comme l'exigence que k 1 ± k 2 ± k 3 = 0 pm k_<2>pm k_<3>= 0> et aussi ω 1 ± ω 2 ± ω 3 = 0 pm omega _<2>pm omega _<3>=0> , le signe moins étant pris en fonction de comment l'énergie est redistribuée entre les vagues. Pour les ondes dans les milieux discrets, comme dans les simulations informatiques sur un réseau, ou dans les systèmes à l'état solide (non linéaires), les vecteurs d'onde sont quantifiés et les modes normaux peuvent être appelés phonons. La zone de Brillouin définit une borne supérieure sur le vecteur d'onde, et les ondes peuvent interagir lorsqu'elles totalisent des multiples entiers des vecteurs de Brillouin (diffusion Umklapp).

Bien que les systèmes à trois ondes fournissent la forme la plus simple d'interactions résonantes dans les ondes, tous les systèmes n'ont pas d'interactions à trois ondes. Par exemple, l'équation des vagues en eau profonde, un système à média continu, n'a pas d'interaction à trois vagues. [2] Le problème de Fermi–Pasta–Ulam–Tsingou, un système à média discret, n'a pas d'interaction à trois ondes. Il a une interaction à quatre ondes, mais cela n'est pas suffisant pour thermaliser le système qui nécessite une interaction à six ondes. [3] En conséquence, le temps de thermalisation éventuel va comme l'inverse de la puissance huitième du couplage - clairement, un temps très long pour un couplage faible - permettant ainsi aux fameuses récurrences FPUT de dominer sur des échelles de temps "normales".

Dans de nombreux cas, le système à l'étude peut être facilement exprimé dans un formalisme hamiltonien. Lorsque cela est possible, un ensemble de manipulations peut être appliqué, se présentant sous la forme d'une transformée de Fourier non linéaire généralisée. Ces manipulations sont étroitement liées à la méthode de diffusion inverse.

et de même pour ϕ ^ ( k → ) >(>>> . Ici, k → >> est le vecteur d'onde. Lorsqu'il est "sur coque", il est lié à la fréquence angulaire par la relation de dispersion. Les opérateurs d'échelle suivent de manière canonique :

avec 2 f ( ω ) une fonction de la fréquence angulaire. Les a , a ∗ > correspondent aux modes normaux du système linéarisé. L'hamiltonien (l'énergie) peut maintenant être écrit en termes de ces opérateurs d'élévation et d'abaissement (parfois appelés les "variables de densité d'action") comme

Compte tenu de ce qui précède comme point de départ, le système est ensuite décomposé en modes « libre » et « lié ». [3] [2] Les modes liés n'ont pas de dynamique indépendante propre, par exemple, les harmoniques supérieures d'une solution de solitons sont liées au mode fondamental et ne peuvent pas interagir. Cela peut être reconnu par le fait qu'ils ne suivent pas la relation de dispersion et n'ont pas d'interactions résonantes. Dans ce cas, des transformations canoniques sont appliquées, dans le but d'éliminer les termes qui n'interagissent pas, laissant des modes libres. C'est-à-dire que l'on réécrit a → a ′ = a + O ( ϵ ) =a+>(epsilon )> et de même pour un ∗ > , et réécrit le système en fonction de ces nouveaux modes "libres" (ou du moins plus libres). Correctement fait, cela laisse H 1 > exprimé uniquement avec des termes qui interagissent de manière résonante. Si H 1 > est cubique, ce sont alors les termes à trois vagues si quartique, ce sont les termes à quatre vagues, et ainsi de suite. Les transformations canoniques peuvent être répétées pour obtenir des termes d'ordre supérieur, tant que les interactions résonantes d'ordre inférieur ne sont pas endommagées et que l'on évite habilement le petit probleme de diviseur, [5] qui se produit lorsqu'il y a des résonances proches. Les termes eux-mêmes donnent le taux ou la vitesse du mélange, et sont parfois appelés coefficients de transfert ou la matrice de transfert. En conclusion, on obtient une équation d'évolution temporelle des modes normaux, corrigée par des termes de diffusion. En choisissant l'un des modes du lot, appelez-le un 1 > ci-dessous, l'évolution temporelle a la forme générique

Les interactions résonantes ont été considérées et décrites pour la première fois par Henri Poincaré au 19ème siècle, dans l'analyse de séries de perturbations décrivant le mouvement planétaire à 3 corps. Les termes du premier ordre dans la série perturbative peuvent être compris pour former une matrice dont les valeurs propres de la matrice correspondent aux modes fondamentaux dans la solution perturbée. Poincaré a observé que dans de nombreux cas, il existe des combinaisons linéaires entières des valeurs propres qui totalisent à zéro c'est l'original interaction résonnante. Lorsqu'il est en résonance, le transfert d'énergie entre les modes peut maintenir le système dans un état de verrouillage de phase stable. Cependant, passer au deuxième ordre est difficile à plusieurs égards. La première est que les solutions dégénérées sont difficiles à diagonaliser (il n'y a pas de base vectorielle unique pour l'espace dégénéré). Un deuxième problème est que des différences apparaissent dans le dénominateur des termes de second ordre et d'ordre supérieur dans la série de perturbations. De petites différences conduisent au fameux petit probleme de diviseur. Ceux-ci peuvent être interprétés comme correspondant à un comportement chaotique. Pour résumer grossièrement, les résonances précises conduisent à la diffusion et le mélange des résonances approximatives conduit à un comportement chaotique.

Les interactions résonantes ont trouvé une large utilité dans de nombreux domaines. Vous trouverez ci-dessous une liste sélectionnée de certains d'entre eux, indiquant la grande variété de domaines auxquels les idées ont été appliquées.


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Contenu

La théorie de Liouville décrit la dynamique d'un champ ϕ appelé champ de Liouville, qui est défini sur un espace à deux dimensions. Ce champ n'est pas un champ libre du fait de la présence d'un potentiel exponentiel

où la charge de fond est

Alors que le potentiel exponentiel brise la conservation de la quantité de mouvement, il ne brise pas la symétrie conforme, et la théorie de Liouville est une théorie de champ conforme avec la charge centrale

Sous transformations conformes, un vecteur propre d'énergie de quantité de mouvement α se transforme en un champ primaire de dimension conforme Δ par

La charge centrale et les dimensions conformes sont invariantes sous la dualité

Les fonctions de corrélation de la théorie de Liouville sont covariantes sous cette dualité, et sous les réflexions des impulsions. Ces symétries quantiques de la théorie de Liouville ne sont cependant pas manifestes dans la formulation lagrangienne, en particulier le potentiel exponentiel n'est pas invariant sous la dualité.

Spectre Modifier

La relation de réflexion est responsable de la quantité de mouvement prenant des valeurs sur une demi-ligne, au lieu d'une ligne complète pour une théorie libre.

La théorie de Liouville est unitaire si et seulement si c ( 1 , + ∞ ) . Le spectre de la théorie de Liouville ne comprend pas d'état de vide. Un état de vide peut être défini, mais il ne contribue pas aux extensions de produit de l'opérateur.

Champs et relation de réflexion Modifier

où le coefficient de réflexion est [1]

Fonctions de corrélation et formule DOZZ Modifier

La théorie de Liouville existe non seulement sur la sphère, mais aussi sur toute surface de Riemann de genre g ≥ 1 . Techniquement, cela équivaut à l'invariance modulaire de la fonction à un point du tore. En raison des identités remarquables des blocs conformes et des constantes de structure, cette propriété d'invariance modulaire peut être déduite de la symétrie de croisement de la fonction à quatre points de la sphère. [7] [4]

Unicité de la théorie de Liouville Modifier

En utilisant l'approche de bootstrap conforme, la théorie de Liouville peut être montrée comme étant l'unique théorie de champ conforme telle que [1]

  • le spectre est un continu, sans multiplicités supérieures à un,
  • les fonctions de corrélation dépendent analytiquement de b et des impulsions,
  • des champs dégénérés existent.

Action et équation du mouvement Modifier

La théorie de Liouville est définie par l'action locale

L'équation du mouvement associée à cette action est

Symétrie conforme Modifier

Les composants qui ne disparaissent pas sont

Chacune de ces deux composantes génère une algèbre de Virasoro avec la charge centrale

Pour que la théorie ait une invariance conforme, le champ e 2 b ϕ > qui apparaît dans l'action doit être marginal, c'est-à-dire avoir la dimension conforme

Cela conduit à la relation

entre la charge de fond et la constante de couplage. Si cette relation est respectée, alors e 2 b ϕ > est en fait exactement marginal, et la théorie est conformement invariante.

Chemin intégral Modifier

Il a été difficile de définir et de calculer cette intégrale de chemin. Dans la représentation intégrale de chemin, il n'est pas évident que la théorie de Liouville ait une invariance conforme exacte, et il n'est pas manifeste que les fonctions de corrélation soient invariantes sous b → b − 1 > et obéissent à la rapport de réflexion. Néanmoins, la représentation intégrale de chemin peut être utilisée pour calculer les résidus de fonctions de corrélation à certains de leurs pôles en tant qu'intégrales de Dotsenko-Fateev (c'est-à-dire les intégrales de gaz de Coulomb), et c'est ainsi que la formule DOZZ a été devinée pour la première fois dans les années 1990. Ce n'est que dans les années 2010 qu'une construction probabiliste rigoureuse de l'intégrale de chemin a été trouvée, ce qui a conduit à une preuve de la formule DOZZ [8] et du bootstrap conforme. [9]

Quelques limites de la théorie de Liouville Modifier

Lorsque la charge centrale et les dimensions conformes sont envoyées aux valeurs discrètes pertinentes, les fonctions de corrélation de la théorie de Liouville se réduisent aux fonctions de corrélation des modèles minimaux diagonaux (série A) de Virasoro. [1]

D'autre part, lorsque la charge centrale est envoyée à un alors que les dimensions conformes restent continues, la théorie de Liouville tend vers la théorie de Runkel-Watts, une théorie des champs conformes (CFT) non triviale avec un spectre continu dont la fonction à trois points n'est pas analytique comme un fonction des impulsions. [10] Des généralisations de la théorie de Runkel-Watts sont obtenues à partir de la théorie de Liouville en prenant des limites du type b 2 ∉ R , b 2 → Q < 0 otin mathbb ,b^<2>à mathbb _<<0>> . [4] Donc, pour b 2 ∈ Q < 0 in mathbb _<<0>> , deux CFT distinctes avec le même spectre sont connues : la théorie de Liouville, dont la fonction à trois points est analytique, et une autre CFT avec une fonction à trois points non analytique.

Modèles WZW Modifier

La théorie de Liouville peut être obtenue à partir du S L 2 ( R ) (mathbb )> Modèle de Wess–Zumino–Witten par une réduction quantique de Drinfeld-Sokolov. De plus, les fonctions de corrélation du modèle H 3 + ^<+>> (la version euclidienne du S L 2 ( R ) (mathbb )> modèle WZW) peut être exprimé en termes de fonctions de corrélation de la théorie de Liouville. [11] [12] Ceci est également vrai des fonctions de corrélation du modèle coset de trou noir 2D S L 2 / U 1 /U_<1>>. [11] De plus, il existe des théories qui interpolent en permanence entre la théorie de Liouville et le modèle H 3 + ^<+>>. [13]

Théorie du Toda conforme Modifier

La théorie de Liouville est l'exemple le plus simple d'une théorie des champs de Toda, associée à la matrice de Cartan A 1 >. Les théories Toda conformes plus générales peuvent être vues comme des généralisations de la théorie de Liouville, dont les Lagrangiens impliquent plusieurs bosons plutôt qu'un boson ϕ , et dont les algèbres de symétrie sont des W-algèbres plutôt que l'algèbre de Virasoro.

Théorie de Liouville supersymétrique Modifier

Gravité de Liouville Modifier

En deux dimensions, les équations d'Einstein se réduisent à l'équation de Liouville, donc la théorie de Liouville fournit une théorie quantique de la gravité qui s'appelle Gravité de Liouville. Il ne faut pas le confondre [15] [16] avec le modèle CGHS ou la gravité Jackiw-Teitelboim.

Théorie des cordes Modifier

La théorie de Liouville apparaît dans le contexte de la théorie des cordes en essayant de formuler une version non critique de la théorie dans la formulation intégrale de chemin. [17] Également dans le contexte de la théorie des cordes, si elle est couplée à un champ bosonique libre, la théorie des champs de Liouville peut être considérée comme la théorie décrivant les excitations des cordes dans un espace (temps) à deux dimensions.

Autres applications Modifier

La théorie de Liouville est liée à d'autres sujets de physique et de mathématiques, tels que la relativité générale tridimensionnelle dans les espaces courbés négativement, le problème d'uniformisation des surfaces de Riemann et d'autres problèmes de cartographie conforme. Il est également lié aux fonctions de partition d'instantons dans certaines théories de jauge superconformes à quatre dimensions par la correspondance AGT.

La théorie de Liouville avec c ≤ 1 est d'abord apparue comme un modèle de théorie des cordes dépendante du temps sous le nom théorie de Liouville temporelle. [18] Il a également été appelé un modèle minimal généralisé. [19] Il a d'abord été appelé Théorie de Liouville quand il s'est avéré qu'il existe réellement, et qu'il est semblable à l'espace plutôt qu'au temps. [4] En 2020, aucun de ces trois noms n'est universellement accepté.


CRÉATION DU RÉSEAU

Sélection de données et de bases de données

La sélection initiale des bases de données étudiées a été faite à partir de l'index des bases de données conservé sur Pathguide (http://www.pathguide.org/) et sur la base de leur classement de popularité. La plupart des bases de données ont au moins un article les décrivant dans le numéro annuel de la base de données de Recherche sur les acides nucléiques (NAR) journal. Les articles publiés dans ce numéro annuel doivent obligatoirement contenir une section le comparant à d'autres bases de données similaires. Les bases de données pertinentes mentionnées dans ces articles ont également été ajoutées pour compléter la sélection initiale de Pathguide.

Visualisation du réseau

La visualisation des interactions des bases de données a été réalisée par le programme de visualisation open source Cytoscape [17]. Chaque base de données est représentée comme un nœud et les interactions avec d'autres nœuds sont visualisées comme une arête. Les nœuds sont également connectés à des identifiants Pathguide qui fournissent un lien vers un résumé Pathguide des fonctionnalités de la base de données et un lien direct vers la base de données. Les données collectées sont incluses dans un seul fichier CYS (le format de fichier utilisé par Cytoscape) qui est disponible gratuitement sur demande auprès des auteurs pour un développement ultérieur. Les bases de données avec la couleur par défaut (beige) n'ont pas été spécifiquement étudiées, les nœuds bleus sont des bases de données d'interaction, les nœuds jaunes sont des bases de données d'interaction prédictives, les nœuds verts sont des bases de données de chemins, les nœuds rouges représentent des bases de données de métaminage et les nœuds gris sont des bases de données ou des normes, permettant à l'utilisateur de accéder à plusieurs bases de données différentes via un point d'entrée standardisé.

Nous avons trois formes différentes pour les bords. Une flèche signifie que la base de données pointée extrait des données du nœud connecté par le bord. Un losange signifie que la base de données pointée est mappée à partir de l'autre base de données, c'est-à-dire qu'une entrée de base de données dans la base de données pointée « vers » peut être trouvée par des recherches dans la base de données pointée « depuis ». Une ligne droite indique qu'il existe un accord d'échange entre les bases de données, ce qui signifie que les données peuvent circuler entre les bases de données dans les deux sens.

Développement futur

Toutes les données sont stockées dans une seule bibliothèque CYS. En utilisant un vocabulaire contrôlé, nous sommes en mesure d'intégrer facilement de nouvelles données aux cartes déjà existantes. Une implémentation web du réseau Cytoscape est disponible Pathguide (http://www.pathguide.org/interactions). Un simple système de soumission HTML permettra aux utilisateurs de soumettre des mises à jour au réseau.

Bases de données d'interactions

Les bases de données thématiques telles que DroID (PPI dans Drosophila melanogaster), MatrixDB (IPP extracellulaires), InnateDB (IPP dans le système immunitaire) et MPIDB (IPP dans les microbes) combinent l'exploration de données à partir d'autres bases de données sources avec leurs propres efforts de curation ( Figure 1). La combinaison de l'exploration de données approfondie et de la conservation interne fait des bases de données d'interaction un choix attrayant pour les chercheurs intéressés par le domaine d'actualité de la base de données.

Bases de données d'interactions. Parmi les bases de données source PPI, nous voyons trois modèles distincts d'échange de données. Base de données autonome qui ne partage pas activement de données (BIND, HPRD et dans une certaine mesure BioGRID), bases de données généralistes participant à l'accord IMEx (DIP, IntAct et MINT) et bases de données thématiques qui combinent leur propre curation interne avec le métaminage d'autres bases de données (DroID, InnateDB, MatrixDB et MPIDB). La combinaison d'une curation interne et d'un métaminage étendu font des bases de données thématiques un choix unique et attrayant pour les chercheurs axés sur D. melanogaster (DroID), le système immunitaire (InnateDB), les protéines extracellulaires (MatrixDB) ou les interactions microbiennes physiques (MPIDB). Les bases de données IMEx ne partagent que des données conservées conformément aux règles de conservation IMEx. Cela signifie que les bases de données non partagées et IMEx sont susceptibles de contenir une grande proportion d'entrées uniques à la base de données, à moins que l'échange IMEx ne soit combiné à un processus de métaminage (comme dans le cas des bases de données thématiques). Les chercheurs qui ne souhaitent pas passer beaucoup de temps à interroger des bases de données sources généralistes peuvent donc trouver pratique d'utiliser des bases de données de métaminage malgré les problèmes décrits dans la section bases de données de métaminage.

Bases de données d'interactions. Parmi les bases de données source PPI, nous voyons trois modèles distincts d'échange de données. Base de données autonome qui ne partage pas activement de données (BIND, HPRD et dans une certaine mesure BioGRID), bases de données généralistes participant à l'accord IMEx (DIP, IntAct et MINT) et bases de données thématiques qui combinent leur propre curation interne avec le métaminage d'autres bases de données (DroID, InnateDB, MatrixDB et MPIDB). La combinaison d'une curation interne et d'un métaminage étendu font des bases de données thématiques un choix unique et attrayant pour les chercheurs axés sur D. melanogaster (DroID), le système immunitaire (InnateDB), les protéines extracellulaires (MatrixDB) ou les interactions microbiennes physiques (MPIDB). Les bases de données IMEx ne partagent que des données organisées conformément aux règles de conservation IMEx. Cela signifie que les bases de données non partagées et IMEx sont susceptibles de contenir une grande proportion d'entrées uniques à la base de données, à moins que l'échange IMEx ne soit combiné à un processus de métaminage (comme dans le cas des bases de données thématiques). Les chercheurs qui ne souhaitent pas passer beaucoup de temps à interroger des bases de données sources généralistes peuvent donc trouver pratique d'utiliser des bases de données de métaminage malgré les problèmes décrits dans la section bases de données de métaminage.

BioGRID a importé les bases de données HPRD et Flybase en 2006 [ 18], mais n'a plus ajouté de données d'autres bases de données depuis lors. BIND, DIP, HPRD, IntAct et MINT n'intègrent pas les données d'autres bases de données. Le chevauchement entre la plupart des bases de données sources est actuellement faible [ 3, 4]. Chaque base de données de curation de littérature extrait ses données d'un ensemble de revues scientifiques sélectionnées, ce qui signifie que les interactions partagées ne peuvent se produire que si deux bases de données curent la même revue ou si le même PPI est mentionné dans deux revues différentes.Les recherches dans plusieurs bases de données sont donc complémentaires dans le sens où chaque nouvelle recherche donne accès à un large ensemble d'interactions qui n'étaient pas recherchées auparavant.

Toutes les principales bases de données de curation de la littérature, à l'exception du HPRD, sont affiliées au consortium IMEx (http://imex.sourceforge.net/). La première étape de cette coopération est l'effort conjoint de conservation de la littérature, conduisant à une augmentation continue des données partagées dans les bases de données. Les sources documentaires pour la conservation sont réparties entre les membres IMEx et conservées dans un format standardisé IMEx, les données conservées sont ensuite mises à la disposition de tous les membres IMEx.

Métaminage des bases de données

APID, MiMI et UniHI sont des bases de données de métaminage avec pour mission d'unifier les bases de données sources en une seule méta-base de données source complète ( Figure 2). APID est entièrement dédié aux données expérimentales des bases de données d'interaction et intègre les données de BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct et MINT.

Métaminage des bases de données. Le point de vue des bases de données de métaminage est obscurci par le fait que les bases de données de métaminage dans plusieurs cas extraient non seulement les données des bases de données PPI, mais extraient également les données d'autres types de bases de données pour fournir des informations de support. La vue montre cependant clairement trois approches distinctes du métaminage. APID, MIMI, PINE et UniHI sont des bases de données de métaminage PPI traditionnelles dans le sens où elles téléchargent périodiquement des données à partir des bases de données PPI sources pour créer un référentiel centralisé. ConsensusPathDB et Pathways Commons fournissent un service similaire visant à intégrer différentes bases de données de parcours. ConsensusPathDB permet ici d'accéder à un nombre beaucoup plus important de bases de données sources et utilise également des bases de données PPI pour créer ses propres chemins basés sur PPI. DASMI est unique en ce qu'il mappe plusieurs bases de données plutôt que de les exploiter. Cela signifie que DASMI effectue ses propres requêtes sur les bases de données mappées à chaque fois qu'un utilisateur saisit une requête dans DASMI. Par conséquent, DASMI est toujours à jour avec la version la plus récente des bases de données sources mappées. Mais aussi moins adapté aux requêtes volumineuses où les limitations de bande passante peuvent être un problème.

Métaminage des bases de données. Le point de vue des bases de données de métaminage est obscurci par le fait que les bases de données de métaminage dans plusieurs cas extraient non seulement les données des bases de données PPI, mais extraient également les données d'autres types de bases de données pour fournir des informations de support. La vue montre cependant clairement trois approches distinctes du métaminage. APID, MIMI, PINE et UniHI sont des bases de données de métaminage PPI traditionnelles dans le sens où elles téléchargent périodiquement des données à partir des bases de données PPI sources pour créer un référentiel centralisé. ConsensusPathDB et Pathways Commons fournissent un service similaire visant à intégrer différentes bases de données de parcours. ConsensusPathDB permet ici d'accéder à un nombre beaucoup plus important de bases de données sources et utilise également des bases de données PPI pour créer ses propres chemins basés sur PPI. DASMI est unique en ce qu'il mappe plusieurs bases de données plutôt que de les exploiter. Cela signifie que DASMI effectue ses propres requêtes sur les bases de données mappées à chaque fois qu'un utilisateur saisit une requête dans DASMI. Par conséquent, DASMI est toujours à jour avec la version la plus récente des bases de données source mappées. Mais aussi moins adapté aux requêtes volumineuses où les limitations de bande passante peuvent être un problème.

UniHI intègre des données PPI humaines expérimentales et prédites par ordinateur. Outre les bases de données BioGRID, BIND, DIP, HPRD et IntAct, elles incluent également des données de Reactome, des expériences Y2H à haut débit (MDC-Y2H [19] et CCSB [20]), des recherches de protéines mentionnées ensemble dans les résumés Medline ( COCIT [ 21]), et des prédictions de protéines orthologues chez des animaux modèles prédites chez l'homme (OPHID [ 22], HomoMint [ 23] et ORTHO [ 24]).

MiMI intègre les données de BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct et MINT, et ajoute également les interactions des bases de données de voies KEGG et Reactome ainsi que les bases de données publiées du Max Delbrück Center [19] et du WSU Campylobacter Interactome [25]. Afin d'enrichir les informations concernant chaque protéine, MiMI ajoute également des informations supplémentaires sur les protéines provenant de Gene Onthology (Gene Onthology consortium [ 26]), InterPro [ 27], IPI [ 28], miBLAST [ 29] NCBI (NCBI Gene, PubMed et PubMed NLP Mining), OrganelleDB [ 30], OrthoMCL [ 31], Pfam [ 32] et ProtoNet [ 33].

Une autre façon de métaminer les bases de données d'interaction est d'intégrer les réseaux d'interaction dans les voies de réaction. ConsensusPath et PathwayCommons utilisent cette technique pour décrire leurs réseaux d'interaction. Afin de créer le parcours complexe, ces bases de données combinent les données des bases de données des parcours avec les informations disponibles dans les bases de données d'interaction. La couverture de base de données des bases de données d'interaction est presque égale. ConsensusPath et PathwayCommons exploitent la majorité des bases de données d'interaction, mais n'intègrent pas autant d'interactions que les bases de données d'interaction dédiées.

La possibilité d'interroger plusieurs bases de données d'interaction en une seule recherche fait des méta-bases de données une source attrayante de données d'interaction. Il est important de réaliser que chaque méta-base de données a sa propre portée et ne contient donc souvent que des parties des bases de données sources. Une recherche dans APID par exemple n'équivaut pas à interroger directement BIND, BioGRID, DIP, IntAct et MINT. Cela peut entraîner de sérieux problèmes de reproductibilité, si l'utilisation des ressources de métaminage n'est pas clairement mentionnée dans le rapport. Les chercheurs menant des expériences similaires aux expériences originales pourraient se retrouver avec des ensembles de données différents par rapport à l'auteur original, provoquant ainsi de sérieux doutes quant à l'intégrité des résultats présentés par l'auteur original.

Chaque base de données de métaminage contient son propre algorithme unique d'unification, avec des forces et des faiblesses. Le facteur le plus facilement mesurable est la couverture des différentes bases de données sources. Seuls APID et ConsensusPathDB permettent aux sites Web d'accéder au nombre d'interactions extraites de leurs sources. MiMI et UniHI fournissent des données similaires, mais dans leur publication la plus récente [34, 35]. PathwayCommons ne fournit pas d'accès public à ce type de données et est donc omis du tableau 1.

Nombre d'interactions extraites de chaque base de données source par les bases de métamining (couverture en pourcentage)

. LIER . BioGRID. TREMPER . DRPH. IntAct. MENTHE une.
APID 45 276 28.6% 94 197 89.2% 34 235 59.5% 29 803 76.8% 155 746 77.2% 131 311 117.8%
MiMI 233 201 147.5% 167 330 159% 49 677 86.1% 116 333 299.8% 77 780 38.6% 125 672 112.7%
UniHI 7394 4.7% 24 624 23.3% 1397 2.42% 40 883 105.4% 19 404 9.6% 0 0% b
ConsensusPathDB 0 0% 27 044 22.8% 1459 2.53% 39 939 103% 22 230 11.0% 12 943 15.5%
. LIER . BioGRID. TREMPER . DRPH. IntAct. MENTHE une.
APID 45 276 28.6% 94 197 89.2% 34 235 59.5% 29 803 76.8% 155 746 77.2% 131 311 117.8%
MiMI 233 201 147.5% 167 330 159% 49 677 86.1% 116 333 299.8% 77 780 38.6% 125 672 112.7%
UniHI 7394 4.7% 24 624 23.3% 1397 2.42% 40 883 105.4% 19 404 9.6% 0 0% b
ConsensusPathDB 0 0% 27 044 22.8% 1459 2.53% 39 939 103% 22 230 11.0% 12 943 15.5%

Chaque base de données source est divisée en deux colonnes. La première colonne indique le nombre d'interactions protéine-protéine extraites par la base de données de métaminage. La deuxième colonne décrit la couverture de la base de données, c'est-à-dire le nombre d'interactions extraites divisé par le nombre d'interactions signalées sur la page Web de la base de données source (03 août 2009). Les valeurs >100% étaient initialement supposées être causées par l'expansion d'interactions complexes selon le modèle matriciel ou le modèle en étoile [ 32]. Selon le modèle en étoile, une protéine d'appât interagissant avec un complexe constitué de trois protéines est développée en trois interactions, une interaction avec chacune des protéines du complexe. L'expansion par le modèle matriciel est similaire au modèle en étoile, mais ajoute également des interactions entre les protéines participant au complexe protéique. La communication avec les développeurs des bases de données de métaminage a cependant montré que cette théorie était incorrecte depuis MiMI. UniHI et ConsensusPathDB n'étendent pas les complexes protéiques importés d'autres bases de données (Glenn Tarcea, Matthias Futschik et Atanas Kamburov, communication personnelle). L'APID utilise le modèle en étoile pour développer les complexes protéiques à partir des bases de données sources, le cas échéant (Carlos Prieto, communication personnelle). Mais les entrées dans MINT sont déjà étendues selon le modèle matriciel, ce qui signifie que toute extension serait redondante et n'ajouterait aucune interaction.

Une enquête plus approfondie menée par Glenn Tarcea au MiMI a résolu les problèmes avec les statistiques du MiMI, mais n'a pas pu fournir davantage d'informations sur les problèmes parmi les autres bases de données. Dans le cas de MiMI, il s'avère que le compteur d'identifiants bruts fournissant les données de leur article [31] était défaillant et sera à l'avenir remplacé par un compteur d'interactions « gène-gène » (Tarcea, G. communication personnelle). Veuillez noter que ce tableau n'est pas une évaluation de la qualité des bases de données, la plupart des méta-bases de données n'extrait que des données répondant à certains critères et devraient donc avoir une couverture de <100%.

une MINT a précédemment étendu les interactions selon le modèle matriciel. Au 1er août 2009, MINT contenait 111 518 interactions. Toutes les bases de données utilisent des téléchargements de données antérieurs à cette heure. Nous utilisons donc cet ancien numéro dans le tableau.

b N'utilise pas MINT, mais utilise HomoMINT. Une base de données d'IPP humains prédits à partir de l'orthologie avec des protéines d'autres espèces. UniHI comprend 10 174 interactions issues de cette base de données et donc une couverture de 41,63 %.

Le nombre d'interactions protéine-protéine non redondantes dans chaque base de données est (pages Web consultées le 18 novembre 2009) : BIND 158 149, BioGRID 105 593, DIP 57 683, HPRD 38 806, IntAct 201 652, MINT 83 323 (veuillez consulter la note de bas de page ' a') et HomoMINT 24 439 interactions (uniquement utilisé par UniHI). BioGRID contient également des interactions génétiques. MiMI est la seule base de données du tableau qui intègre également ce type de données, ce qui signifie que le nombre total d'interactions dans BioGrid (169 723) est une comparaison plus appropriée.

Nombre d'interactions extraites de chaque base de données source par les bases de métamining (couverture en pourcentage)

. LIER . BioGRID. TREMPER . DRPH. IntAct. MENTHE une.
APID 45 276 28.6% 94 197 89.2% 34 235 59.5% 29 803 76.8% 155 746 77.2% 131 311 117.8%
MiMI 233 201 147.5% 167 330 159% 49 677 86.1% 116 333 299.8% 77 780 38.6% 125 672 112.7%
UniHI 7394 4.7% 24 624 23.3% 1397 2.42% 40 883 105.4% 19 404 9.6% 0 0% b
ConsensusPathDB 0 0% 27 044 22.8% 1459 2.53% 39 939 103% 22 230 11.0% 12 943 15.5%
. LIER . BioGRID. TREMPER . DRPH. IntAct. MENTHE une.
APID 45 276 28.6% 94 197 89.2% 34 235 59.5% 29 803 76.8% 155 746 77.2% 131 311 117.8%
MiMI 233 201 147.5% 167 330 159% 49 677 86.1% 116 333 299.8% 77 780 38.6% 125 672 112.7%
UniHI 7394 4.7% 24 624 23.3% 1397 2.42% 40 883 105.4% 19 404 9.6% 0 0% b
ConsensusPathDB 0 0% 27 044 22.8% 1459 2.53% 39 939 103% 22 230 11.0% 12 943 15.5%

Chaque base de données source est divisée en deux colonnes. La première colonne indique le nombre d'interactions protéine-protéine extraites par la base de données de métaminage. La deuxième colonne décrit la couverture de la base de données, c'est-à-dire le nombre d'interactions extraites divisé par le nombre d'interactions signalées sur la page Web de la base de données source (03 août 2009). Les valeurs >100% étaient initialement supposées être causées par l'expansion d'interactions complexes selon le modèle matriciel ou le modèle en étoile [ 32]. Selon le modèle en étoile, une protéine d'appât interagissant avec un complexe constitué de trois protéines est développée en trois interactions, une interaction avec chacune des protéines du complexe. L'expansion par le modèle matriciel est similaire au modèle en étoile, mais ajoute également des interactions entre les protéines participant au complexe protéique. La communication avec les développeurs des bases de données de métaminage a cependant montré que cette théorie était incorrecte depuis MiMI. UniHI et ConsensusPathDB n'étendent pas les complexes protéiques importés d'autres bases de données (Glenn Tarcea, Matthias Futschik et Atanas Kamburov, communication personnelle). L'APID utilise le modèle en étoile pour développer les complexes protéiques à partir des bases de données sources, le cas échéant (Carlos Prieto, communication personnelle). Mais les entrées dans MINT sont déjà étendues selon le modèle matriciel, ce qui signifie que toute extension serait redondante et n'ajouterait aucune interaction.

Une enquête plus approfondie menée par Glenn Tarcea au MiMI a résolu les problèmes avec les statistiques du MiMI, mais n'a pas pu fournir davantage d'informations sur les problèmes parmi les autres bases de données. Dans le cas de MiMI, il s'avère que le compteur d'identifiants bruts fournissant les données de leur article [31] était défaillant et sera à l'avenir remplacé par un compteur d'interactions « gène-gène » (Tarcea, G. communication personnelle). Veuillez noter que ce tableau n'est pas une évaluation de la qualité des bases de données, la plupart des méta-bases de données n'extrait que des données répondant à certains critères et devraient donc avoir une couverture de <100%.

une MINT a précédemment étendu les interactions selon le modèle matriciel. Au 1er août 2009, MINT contenait 111 518 interactions. Toutes les bases de données utilisent des téléchargements de données antérieurs à cette heure. Nous utilisons donc cet ancien numéro dans le tableau.

b N'utilise pas MINT, mais utilise HomoMINT. Une base de données d'IPP humains prédits à partir de l'orthologie avec des protéines d'autres espèces. UniHI comprend 10 174 interactions issues de cette base de données et donc une couverture de 41,63 %.

Le nombre d'interactions protéine-protéine non redondantes dans chaque base de données est (pages Web consultées le 18 novembre 2009) : BIND 158 149, BioGRID 105 593, DIP 57 683, HPRD 38 806, IntAct 201 652, MINT 83 323 (veuillez consulter la note de bas de page ' a') et HomoMINT 24 439 interactions (uniquement utilisé par UniHI). BioGRID contient également des interactions génétiques. MiMI est la seule base de données du tableau qui intègre également ce type de données, ce qui signifie que le nombre total d'interactions dans BioGrid (169 723) est une comparaison plus appropriée.

Le tableau 1 montre la couverture actuelle des bases de données de métaminage. La couverture d'une base de données est calculée comme la proportion de PPI dans une base de données source qui ont été importés dans la base de données de métaminage. Nous tenons à souligner que la couverture n'est pas une estimation de la qualité des bases de données puisque chaque méta-base de données a son propre périmètre qui ne correspond pas toujours au périmètre des bases de données sources. Parmi les méta-bases de données, MiMI est la base de données la plus non discriminatoire, visant à inclure toutes les données d'interaction dans une seule base de données complète et donc à intégrer toutes les interactions qu'elles peuvent trouver. L'APID se concentre sur les protéines vérifiées expérimentalement et s'appuie sur un algorithme unificateur qui utilise une séquence protéique comme identifiant, ce qui signifie que les interactions non prises en charge par une expérience ou contenant une protéine avec une séquence inconnue sont omises. UniHI se concentre sur les PPI humains extraits des bases de données, ce qui lui confère une faible couverture des bases de données hébergeant des données d'autres espèces. ConsensusPathDB est une base de données de voies nécessitant plus d'informations biologiques contextuelles entourant une interaction, limitant ainsi considérablement le nombre d'interactions qu'elle peut intégrer à partir de chaque base de données source.

Ce qui est plus inquiétant, c'est qu'il existe plusieurs instances de méta-bases de données signalant qu'elles ont extrait >100% des interactions source. Parmi les bases de données du tableau, seule l'APID étend les complexes importés (Carlos Prieto, Glenn Tarcea, Matthias Futschik et Atanas Kamburov, communication personnelle) et nous n'avons jusqu'à présent pas pu trouver d'autres explications satisfaisantes.

PINA [ 36] est une plate-forme d'analyse de réseau avec un ensemble de données intégré de MINT, IntAct, DIP, BioGRID, HPRD et MIPS/MPACT. PINA permet également aux utilisateurs de télécharger leurs propres ensembles de données PPI privés pour créer des méta-bases de données personnalisées. Ceci, combiné aux outils de requête et d'analyse avancés, rend PINA adapté aux chercheurs qui souhaitent effectuer une analyse de réseau PPI sur des voies spécifiques ou créer de nouvelles voies basées sur des PPI connus.

DASMI [37] est une approche alternative à l'intégration des données d'interactions protéine-domaine. Plutôt que de collecter toutes les données dans une seule base de données, cette extension du système d'annotation distribué (DAS) [ 38] accède à toutes les bases de données incluses et collecte ensuite les données à la demande de l'utilisateur. Les approches décentralisées sont donc moins adaptées que le métaminage de bases de données pour les analyses à grande échelle, telles que les études d'interaction à l'échelle du génome, car d'énormes quantités de données doivent être transférées pour chaque requête. Cette approche dépend fortement de la participation des fournisseurs de bases de données d'interaction et n'a jusqu'à présent que partiellement réussi. Plusieurs bases de données ont été intégrées de cette manière, mais dans d'autres cas, les développeurs DASMI ont été contraints d'effectuer une intégration statique des données et d'héberger ces ressources sur un serveur central. Les caches temporaires sont mis à jour lorsque les bases de données sont mises à jour (comme HPRD et DIP), ou les ensembles de données finaux des projets terminés (comme Sanger et CCSB-HI1) sont utilisés. Les sources de données DASMI sont accessibles par programmation, ce qui a conduit au développement de différents clients utilisateurs qui présentent les interactions de différentes manières [37, 39]. Il reste à voir si un soutien croissant des développeurs clients convaincra davantage de fournisseurs de bases de données d'offrir une interface basée sur DAS à leurs données, car cela augmenterait leur visibilité.

Bases de données d'interactions prédictives

Il existe quatre principales bases de données PPI prédictives : HAPPI, STRING, STITCH et Scansite. HAPPI et STITCH dépendent directement de la méta-base de données STRING pour trouver leurs interactions prédites (Figure 3). Les nouvelles caractéristiques de STITCH proviennent du fait qu'il fournit également des prédictions concernant les interactions protéine-chimique.

Bases de données d'interactions prédictives. STRING intègre des données PPI provenant d'un ensemble diversifié de sources non seulement limitées aux données PPI pures. Cela crée un énorme ensemble de données de PPI à la fois vérifiés expérimentalement et prédits bioinformatiquement. STITCH est une base de données étroitement liée qui s'appuie sur une combinaison de STRING et de données chimiques pour créer un ensemble de données d'interactions connues et prévues entre les protéines et les produits chimiques. La base de données HAPPI utilise un sous-ensemble de bases de données sources STRING et le combine avec d'autres preuves expérimentales qui servent d'estimateur de qualité pour les PPI extraits. Les interactions de faible qualité sont ensuite supprimées afin de créer un ensemble de données de meilleure qualité que les bases de données sources fournissant les PPI. Scansite est un cas particulier et a très peu de points communs avec les autres bases de données puisqu'il s'appuie sur la similarité des séquences pour prédire certains types d'interactions.

Bases de données d'interactions prédictives. STRING intègre des données PPI provenant d'un ensemble diversifié de sources non seulement limitées aux données PPI pures. Cela crée un énorme ensemble de données de PPI à la fois vérifiés expérimentalement et prédits bioinformatiquement. STITCH est une base de données étroitement liée qui s'appuie sur une combinaison de STRING et de données chimiques pour créer un ensemble de données d'interactions connues et prévues entre les protéines et les produits chimiques. La base de données HAPPI utilise un sous-ensemble de bases de données sources STRING et le combine avec d'autres preuves expérimentales qui servent d'estimateur de qualité pour les PPI extraits. Les interactions de faible qualité sont ensuite supprimées afin de créer un ensemble de données de meilleure qualité que les bases de données sources fournissant les PPI. Scansite est un cas particulier et a très peu de points communs avec les autres bases de données puisqu'il s'appuie sur la similarité des séquences pour prédire certains types d'interactions.

STRING combine les données d'interaction connues des bases de données d'interaction BIND, BioGRID, DIP, IntAct MINT et HPRD avec les interactions des bases de données de voies PID, Reactome, KEGG et EcoCyc. Pour compléter davantage cette base de données, elle inclut également les interactions prédites par des algorithmes spécifiquement conçus pour STRING [ 40, 41].

HAPPI extrait les interactions humaines de STRING et fait une comparaison avec les données trouvées parmi les principales sources : BIND, HPRD, KEGG, MINT et OPHID. Chaque source a sa propre valeur de confiance et le signalement d'une interaction dans plusieurs bases de données augmente le score de confiance. Cela donne une base de données de plus de 138 000 PPI de haute qualité non redondants, dans la terminologie HAPPI appelés interactions de qualité 3, 4 ou 5 étoiles. Une étude comparative avec les normes de référence existantes suggère qu'un tel ensemble de données unifié est de meilleure qualité que n'importe lequel des ensembles de données sources [42].Les prédictions de qualité inférieure sont également conservées dans la base de données marquées comme des interactions à 1 ou 2 étoiles, ce qui porte le nombre total à >1,2 million d'interactions « prédites ».

La base de données Scansite est basée sur une comparaison de séquences 1D avec des motifs connus. Scansite a été créé pour identifier de courtes séquences protéiques susceptibles d'être reconnues par des domaines de signalisation modulaires, phosphorylées par les protéines Ser/Thr- ou Tyr-kinases ou médiant des interactions spécifiques avec des ligands protéiques ou phospholipidiques [43].

Bases de données de chemin

Les bases de données de voies placent les interactions protéiques dans un contexte biologique en créant des voies pour décrire les processus biologiques ( Figure 4). Certaines bases de données telles que KEGG suivent une relation directe d'interactions protéiques tandis que d'autres, telles que Reactome, fondent leurs voies sur la transition biochimique et le transport plutôt que sur les interactions protéiques.

Bases de données de cheminement. La figure montre que très peu de bases de données de parcours utilisent les bases de données PPI disponibles pour créer leurs parcours. La figure montre également que l'échange de données entre les différentes bases de données de parcours est moins important entre les bases de données PPI. SPIKE et Reactome sont des exceptions notables à cela et combinent leurs propres efforts de curation avec le métaminage d'autres bases de données Pathway. SPIKE est également avec SGMP inhabituel dans la manière dont ils utilisent les données de la littérature lors de la création de leurs parcours.

Bases de données de cheminement. La figure montre que très peu de bases de données de parcours utilisent les bases de données PPI disponibles pour créer leurs parcours. La figure montre également que l'échange de données entre les différentes bases de données de parcours est moins important entre les bases de données PPI. SPIKE et Reactome sont des exceptions notables à cela et combinent leurs propres efforts de curation avec le métaminage d'autres bases de données Pathway. SPIKE est également avec SGMP inhabituel dans la manière dont ils utilisent les données de la littérature lors de la création de leurs parcours.

L'intégration des données PPI à partir des bases de données PPI est rare, parmi les bases de données étudiées, seul SPIKE rapporte une telle intégration dans sa base de données pour créer ses voies [ 44]. Mais ConsusPathDB et les travaux récents de Wu et al. [ 45] prouvent que malgré les différences, il est possible de combiner des ensembles de données des deux types pour augmenter la couverture du protéome tout en maintenant la qualité des IPP fonctionnels. Il convient cependant de noter que de nombreuses informations utiles, telles que les relations sémantiques entre protéines, sont perdues lors de la fusion (Guanming Wu, communications personnelles).

L'échange de données a été entravé par les diverses manières de définir les données de parcours, mais il est en augmentation. Il existe actuellement deux normes de données majeures pour l'échange de données sur les voies : BioPAX [ 9] et SBML [ 11]. Chacun ayant ses propres avantages distincts, SBML fournit un support pour la modélisation et les simulations tandis que BioPAX crée une hiérarchie riche avec un fort degré de flexibilité [12]. De nombreuses bases de données prennent donc en charge les deux formats, BioPAX étant le format dominant en ce qui concerne l'échange de données en raison de sa capacité à échanger de nombreux contenus sémantiques.

Le format d'échange de données BioPAX est actuellement utilisé par plusieurs bases de données pour l'échange de données entre les bases de données de voies. Le NCI-PID exploite BioCarta et Reactome via des transferts BioPAX de niveau 2. Reactome a extrait des données via BioPAX niveau 2 du NCI-PID, la carte des cellules cancéreuses et travaille à l'intégration de RiceCyc [46] (Guanming Wu, communication personnelle). Les données KEGG ont plutôt été importées dans le propre format de KEGG, KGML et NCI-PID ont été intégrés via SBML avec des ajouts Cell-Designer pour PANTHER. Ces efforts montrent que la capacité d'échanger des données entre les bases de données de voies a été considérablement améliorée grâce à l'introduction des formats BioPAX et SBML.

Unifier les efforts

Outre DASMI (couvert dans les bases de données de métaminage), il existe deux autres services qui peuvent fournir un point d'accès unique à une grande variété de bases de données, InterPro et BioMart ( Figure 5). InterPro a récemment lancé son propre service BioMart permettant aux utilisateurs d'accéder à InterPro via le programme BioMart. BioMart est similaire à DASMI, en ce sens que les deux visent à fournir un portail unique permettant d'accéder à toutes les bases de données sources décentralisées. BioMart vise une description générale des protéines plutôt que des IPP, mais Reactome inclut son propre service BioMart. Par conséquent, en utilisant BioMart, on peut accéder à InterPro et accéder en outre à PANTHER et à la cartographie vers IntAct, dans le cadre des services offerts par InterPro.

Unifier les efforts. BioMart et DASMI visent tous deux à créer un point d'accès unique à une multitude de bases de données. Les systèmes reposent sur des méthodes de mappage lorsque le client envoie des requêtes à plusieurs serveurs et assemble les informations renvoyées dans une vue compréhensible. Le système BioMart ne prend pas en charge les exceptions à cette méthode, tandis que DASMI télécharge souvent des bases de données d'intérêt et rend les données disponibles à partir de serveurs gérés par l'équipe DASMI. InterPro fournit un guichet unique pour la classification des protéines en créant des signatures de séquences de protéines à partir de ses bases de données membres et en les stockant dans sa propre base de données. Ce schéma de classification des protéines est également disponible via BioMart car InterPro prend désormais en charge les requêtes effectuées par les clients BioMart.

Unifier les efforts. BioMart et DASMI visent tous deux à créer un point d'accès unique à une multitude de bases de données. Les systèmes reposent sur des méthodes de mappage lorsque le client envoie des requêtes à plusieurs serveurs et assemble les informations renvoyées dans une vue compréhensible. Le système BioMart ne prend pas en charge les exceptions à cette méthode, tandis que DASMI télécharge souvent des bases de données d'intérêt et rend les données disponibles à partir de serveurs gérés par l'équipe DASMI. InterPro fournit un guichet unique pour la classification des protéines en créant des signatures de séquences de protéines à partir de ses bases de données membres et en les stockant dans sa propre base de données. Ce schéma de classification des protéines est également disponible via BioMart car InterPro prend désormais en charge les requêtes effectuées par les clients BioMart.


Systèmes adaptatifs complexes : analyse de concept

Objectif: L'objectif de cet article est d'expliquer le concept de systèmes adaptatifs complexes à travers une analyse qui fournit une description, des antécédents, des conséquences et un cas modèle tiré de la littérature sur les soins infirmiers et les soins de santé.

Fond: La vie est plus que des atomes et des molécules - ce sont des modèles d'organisation. La science de la complexité est la dernière génération de pensée systémique qui étudie les modèles et a émergé de l'exploration du monde subatomique et de la physique quantique. Un élément clé de la science de la complexité est le concept de systèmes adaptatifs complexes, et la recherche active se trouve dans de nombreuses disciplines - de la biologie à l'économie en passant par les soins de santé. Cependant, la recherche et la littérature liées à ces sujets attrayants ont généré de la confusion. Une explication approfondie des systèmes adaptatifs complexes est nécessaire.

Méthodes : Une application modifiée des méthodes recommandées par Walker et Avant pour l'analyse de concept a été utilisée.

Résultats: Un système adaptatif complexe est un ensemble d'agents individuels ayant la liberté d'agir de manières qui ne sont pas toujours totalement prévisibles et dont les actions sont interconnectées. Les exemples incluent une colonie de termites, le marché financier et une équipe chirurgicale. On l'appelle souvent la théorie du chaos, mais les deux ne sont pas identiques. La théorie du chaos est en fait un sous-ensemble de la science de la complexité. La science de la complexité offre une nouvelle approche puissante, au-delà de la simple observation des processus cliniques et des compétences des professionnels de la santé.

Conclusion: L'utilisation de systèmes adaptatifs complexes comme cadre augmente pour un large éventail d'applications scientifiques, y compris la recherche en soins infirmiers et en gestion des soins de santé. Lorsque les infirmières et les autres gestionnaires de soins de santé se concentrent sur l'augmentation des connexions, de la diversité et des interactions, ils augmentent le flux d'informations et favorisent l'adaptation créative appelée auto-organisation. La science de la complexité s'appuie sur la riche tradition des soins infirmiers qui considère les patients et les soins infirmiers d'un point de vue systémique.


Termes statistiques confus n° 1 : Les nombreux noms de variables indépendantes

Les modèles statistiques, tels que les modèles linéaires généraux (régression linéaire, ANOVA, MANOVA), les modèles linéaires mixtes et les modèles linéaires généralisés (logistique, Poisson, régression, etc.) ont tous la même forme générale.

Du côté gauche de l'équation se trouve une ou plusieurs variables de réponse, Y . Sur le côté droit se trouvent une ou plusieurs variables prédictives, X , et leurs coefficients, B. Les variables sur le côté droit peuvent avoir plusieurs formes et sont appelées par plusieurs noms.

Il y a des distinctions subtiles dans la signification de ces noms. Malheureusement, cependant, il existe deux pratiques qui les rendent plus confuses qu'elles ne devraient l'être.

Premièrement, ils sont souvent utilisés de manière interchangeable. Ainsi, quelqu'un peut utiliser la “variable prédictive” et la “variable indépendante” de manière interchangeable et une autre personne ne le peut pas. Ainsi, l'auditeur peut lire les distinctions subtiles que le locuteur n'implique peut-être pas.

Deuxièmement, les mêmes termes sont utilisés différemment dans différents domaines ou situations de recherche. Donc, si vous êtes un épidémiologiste qui fait des recherches sur la plupart des variables observées, vous avez probablement été formé avec des significations légèrement différentes de certains de ces termes que si vous êtes un psychologue qui fait des recherches expérimentales.

Pire encore, les progiciels statistiques utilisent des noms différents pour des concepts similaires, même parmi leurs propres procédures. Cette quête de précision prête souvent à confusion. (C'est déjà assez dur sans changer les mots !).

Voici quelques termes courants qui font tous référence à une variable dans un modèle qui est proposé pour affecter ou prédire une autre variable.

Je vais vous donner les différentes définitions et implications, mais il est très probable que j'en oublie. Si vous voyez un terme qui signifie quelque chose de différent de ce que vous comprenez, veuillez l'ajouter aux commentaires. Et dites-nous dans quel domaine vous travaillez principalement.

Prédicteur Variable, Prédicteur

C'est le plus générique des termes. Il n'y a aucune implication pour être manipulé, observé, catégorique ou numérique. Cela n'implique pas de causalité.

Une variable prédictive est simplement utilisée pour expliquer ou prédire la valeur de la variable de réponse. Utilisé principalement dans la régression.

Variable indépendante

J'ai vu la variable indépendante (IV) utilisée de différentes manières.

1. Il implique causalité : la variable indépendante affecte la variable dépendante. Cette utilisation est prédominante dans les modèles ANOVA où la variable indépendante est manipulée par l'expérimentateur. S'il est manipulé, il est généralement catégorique et les sujets sont assignés au hasard à des conditions.

2. Cela n'implique pas de causalité, mais c'est une variable prédictive clé pour répondre à la question de recherche. En d'autres termes, il est dans le modèle parce que le chercheur s'intéresse à comprendre sa relation avec la variable dépendante. En d'autres termes, ce n'est pas une variable de contrôle.

3. Cela n'implique pas la causalité ou l'importance de la variable pour la question de recherche. Mais il est non corrélé (indépendant) de tous les autres prédicteurs.

Honnêtement, je n'ai vu que récemment quelqu'un définir le terme variable indépendante de cette façon. Les variables prédictives ne peuvent pas être des variables indépendantes si elles sont corrélées. Cela m'a surpris, mais il est bon de savoir que certaines personnes pensent cela lorsqu'elles utilisent le terme.

Variable explicative

Une variable prédictive dans un modèle où le point principal n'est pas de prédire la variable de réponse, mais d'expliquer une relation entre X et Y.

Variable de contrôle

Une variable prédictive qui pourrait être liée à ou affecter la variable dépendante, mais pas vraiment d'intérêt pour la question de recherche.

Covariable

Généralement un continu variable prédictive. Utilisé à la fois dans l'ANCOVA (analyse de covariance) et dans la régression. Certaines personnes l'utilisent pour désigner toutes les variables prédictives dans la régression, mais cela signifie en réalité des prédicteurs continus. L'ajout d'une covariable à l'ANOVA (analyse de la variance) la transforme en ANCOVA (analyse de la covariance).

Parfois, la covariable implique que la variable est une variable de contrôle (par opposition à une variable indépendante), mais pas toujours.

Et parfois, les gens utilisent une covariable pour signifier une variable de contrôle, qu'elle soit numérique ou catégorique.

Celui-ci est tellement déroutant qu'il a son propre article sur les termes statistiques confus.

Variable de confusion, facteur de confusion

Ces termes sont utilisés différemment dans différents domaines. Dans la conception expérimentale, cela signifiait une variable dont l'effet ne peut pas être distingué de l'effet d'une variable indépendante.

Dans les domaines de l'observation, cela signifiait autrefois l'une des deux situations. La première est une variable tellement corrélée à une variable indépendante qu'il est difficile de séparer leurs effets sur la variable de réponse. La seconde est une variable qui provoque l'effet de la variable indépendante sur la réponse.

La distinction entre ces interprétations est légère mais importante.

Variable d'exposition

C'est un terme pour la variable indépendante dans certains domaines, en particulier l'épidémiologie. C'est la variable prédictive clé.

Facteur de risque

Un autre terme épidémiologique pour une variable prédictive. Contrairement au terme “Factor” répertorié ci-dessous, il n'implique pas une variable catégorielle.

Facteur

UNE catégorique variable prédictive. Cela peut ou non indiquer une relation de cause à effet avec la variable de réponse (cela dépend de la conception de l'étude, pas de l'analyse).

Les variables indépendantes dans l'ANOVA sont presque toujours appelées facteurs. Dans la régression, elles sont souvent appelées variables indicatrices, prédicteurs catégoriels ou variables fictives. Ils sont tous la même chose dans ce contexte.

De plus, veuillez noter que Factor a une signification complètement différente dans les statistiques, il a donc également son propre article sur les termes statistiques confus.

Caractéristique

Utilisé dans les modèles d'apprentissage automatique et prédictifs, il s'agit simplement d'une variable prédictive.

Variable de regroupement

Facteur fixe

Une variable prédictive catégorielle dans laquelle les valeurs spécifiques des catégories sont intentionnelles et importantes, souvent choisies par l'expérimentateur. Les exemples incluent des traitements expérimentaux ou des catégories démographiques, telles que le sexe et la race.

Si vous ne faites pas un modèle mixte (et vous devriez savoir si vous le faites), tous vos facteurs sont des facteurs fixes. Pour une explication plus détaillée des facteurs fixes et aléatoires, voir Spécification de facteurs fixes et aléatoires dans les modèles mixtes ou à plusieurs niveaux

Aléatoire facteur

Une variable prédictive catégorielle dans laquelle les valeurs spécifiques des catégories ont été attribuées au hasard. Généralement utilisé en modélisation mixte. Les exemples incluent des sujets ou des blocs aléatoires.

Pour une explication plus détaillée des facteurs fixes et aléatoires, voir Spécification de facteurs fixes et aléatoires dans les modèles mixtes ou à plusieurs niveaux

Variable de blocage

Ce terme est généralement utilisé dans la conception expérimentale, mais je l'ai également vu dans des essais contrôlés randomisés.

Une variable de blocage est une variable qui indique un bloc expérimental : un groupe ou une unité expérimentale qui restreint la randomisation complète et qui entraîne souvent des valeurs de réponse similaires parmi les membres du bloc.

Les variables de blocage peuvent être des facteurs fixes ou aléatoires. Ils ne sont jamais continus.

Variable muette

Une variable catégorielle qui a été codée fictivement. Le codage factice (également appelé codage par indicateur) est généralement utilisé dans les modèles de régression, mais pas dans l'ANOVA. Une variable fictive ne peut avoir que deux valeurs : 0 et 1. Lorsqu'une variable catégorielle a plus de deux valeurs, elle est recodée en plusieurs variables fictives.

Variable indicatrice

Le message à emporter

Chaque fois que vous utilisez des termes techniques dans un rapport, un article ou une conversation, il est toujours judicieux de définir vos termes. Ceci est particulièrement important en statistique, qui est utilisée dans de très nombreux domaines, chacun ajoutant ses propres subtilités à la terminologie.


Postdocs - Critères de reconnaissance de l'expérience pour le poste "TV-L 13"

Je sais que le sujet du stufe pour les contrats "TV-L 13" dans les universités allemandes a été discuté plusieurs fois, mais je n'ai pas pu trouver la réponse à ma question. On me propose un poste de post-doc avec le niveau de salaire "TV-L 13". J'ai un doctorat de 3 ans et une expérience de recherche de 3,5 ans. Cependant, l'administration veut me mettre sur stufe 1. Ils soutiennent que bien que mon expérience soit pertinente pour le poste actuel, le type de contrats que j'ai eu ne convient pas. L'expérience TVL dépend-elle vraiment du type de contrat plutôt que des tâches réellement exécutées ? De plus, si vous avez réussi à plaider en faveur de l'inclusion de votre doctorat en tant qu'expérience, comment avez-vous plaidé pour cela ?

Je comprends qu'ils se basent sur le document suivant (j'ai utilisé le traducteur google, donc je ne comprends que grossièrement ce point):


Liegen die im Weiteren erläuterten Merkmale vor, findet zwingend eine Anrechnung statt: Berufliche Erfahrungen setzen das Bestehen eines Arbeitsverhältnisses voraus (im Umfang von mind. 25 v.H. einer Vollbeschäftigung). Ausbildungszeiten, Volontariat, Praktika (mit Ausnahme eines Anerkennungspraktikums i.S. des Tarifvertrages), Stipendien, Werkverträge, freie Dienstvertrags- oder sonstige Vertragsverhältnisse könnfliche nicht als berugennet Eine einschlägige Berufserfahrung liegt nur vor, wenn die frühere, prägende Tätigkeit im Wesentlichen unverändert fortgesetzt wird. Ausreichend kann auch eine gleiche oder gleichartige Tätigkeit sein, sofern sie in der Wertigkeit der jetzigen Eingruppierung entspricht. Maßgeblich ist das für die frühere Tätigkeit nötige Wissen und Können und die dort erworbenen Kenntnisse und Erfahrungen als prägende Elemente auch für die neue Tätigkeit. Beide Tätigkeiten (konkrete Aufgabenstellung) müssen nach Aufgabenzuschnitt und Niveau gleichartig sein. Liegen die vorgenannten Voraussetzungen vor, ist des Weiteren nach der "Herkunft" der beruflichen Vorerfahrung zu differenzieren - Zeiten bei anderen Arbeitgebern dürfen auf dieser Ebene grds. nur bis zur Stufe 3 (!) angerechnet werden. Die nicht zwingend anzurechnenden Zeiten können aber als förderliche Zeiten anerkannt werden, dazu s. u .. Zu den vorgenannten Tatbestandsmerkmalen ist die im Sonderregelung Hochschulbereich zu beachten: Zeiten mit einschlägiger Berufserfahrung un Hochschulen oder außeruniversitären Forschungseinrichtungen werden bei der beschäftigten Entgeltgruppen 13 bis 15 grundsätzlich anerkannt bei der beschäftigten Entgeltgruppen 9 bis 12 dann, wenn sie im Rahmen der Planung, Vorbereitung, Durchführung, Aus- und / oder Bewertung von wissenschaftlichen Vorhaben einen wesentlichen Beitrag leisten.


Éthique - Attribution de citations de second ordre

Imaginez qu'un article de [l'auteur A] ait rassemblé de la littérature sur l'utilisation abusive d'une technologie dans le contexte X. Je veux maintenant parler de l'utilisation abusive de la même technologie mais dans le contexte Y. Lors de la création d'un récit différent et de l'assemblage d'arguments différents , une grande partie de ce que je dis utilise les références de [Auteur A] avec une opinion similaire ou identique.

Prenez la citation inventée suivante de (Auteur A) :


Les technologies ont des valeurs intégrées dans leur conception (Auteur B).


Je pense qu'il serait faux de ne citer directement [Auteur B] et de faire une déclaration similaire sans reconnaître [Auteur A] puisque l'idée vient vraiment de la façon dont ce dernier utilise le premier. De plus, cela ne semblerait pas juste puisque quelqu'un d'autre a fait beaucoup de travail pour trouver les références.

Cela se produit plusieurs fois et il serait donc également évident de savoir comment j'ai trouvé les sources (bien sûr, je déclarerai dans la section arrière-plan que j'ai fait une recherche en arrière pour trouver des sources). En même temps, mon analyse est différente et je ne peux donc pas simplement dire "lisez [Auteur A] pour une revue de la littérature]" - je dois tout relier à mon sujet (et aussi à d'autres domaines non couverts par [Auteur A].

Quelle est la manière correcte et, si elle est autorisée, la plus élégante de gérer les citations de second ordre ? Surtout quand j'ai besoin de le faire plusieurs fois. Existe-t-il une alternative à l'utilisation de citations de second ordre ?

N.b., il ne s'agit pas d'une méta-enquête comme vous en trouveriez en science médicale ou similaire.

Il existe deux façons simples de gérer cela, et vous pouvez choisir celle que vous préférez.

Décrivez dans l'introduction comment vous avez trouvé les deux articles et citez-les tous les deux. Choisissez celui que vous préférez et mentionnez que vous ne citerez que cet article. C'est à vous de décider lequel vous préférez : peut-être que vous en choisissez un en raison de son meilleur style d'écriture, parce que c'est le premier, ou parce que c'est le deuxième et qu'il fait référence au premier, permettant aux lecteurs de trouver les deux. Citez ensuite le document unique.

Décrivez dans l'introduction comment vous avez trouvé les deux articles et citez-les tous les deux. Citez les deux articles à chaque fois (pourquoi pas ?). Par exemple : "Les technologies ont des valeurs intégrées dans leur conception [1, 2]."

Il n'y a pas de règles sur ce qui est le meilleur moyen, mais vous devriez toujours considérer le point de vue de la lecteur de votre papier : qu'est-ce qui tu aimez voir quand vous lisez le papier? Personnellement, j'ai une légère préférence pour (2) car cela me permettra de trouver rapidement les deux articles, même si je décide de lire, disons, uniquement la section des résultats de votre article.

Enfin, vous pouvez éviter de citer le papier "plusieurs fois" en restructurant le texte dans votre article : il ne devrait normalement pas être nécessaire de citer le même papier plus d'une fois dans la même rubrique, vous n'aurez donc à les citer que 3 -4 fois (introduction, méthodes, discussion).

Phd - Comment puis-je savoir si quelqu'un est vraiment titulaire d'un doctorat ?

Nous interrogeons actuellement des candidats dans mon entreprise et j'aimerais vérifier si certains d'entre eux ont vraiment les diplômes universitaires qu'ils revendiquent. L'un en particulier revendique un doctorat d'une université allemande.

J'ai contacté l'université et le doyen m'a répondu qu'ils ne pouvaient pas fournir ces informations sans le consentement écrit de la personne.

J'ai trouvé cette politique assez étrange. J'aurais pensé que l'octroi d'un doctorat était une information publique. Est-ce normal? Y a-t-il autre chose que je puisse faire pour le savoir ?

J'ai obtenu de la bibliothèque une copie de la thèse en question mais elle était en allemand. J'ai également trouvé via Google une feuille de calcul qui semble être une liste de thèses publiées par cette université, mais il n'est pas clair s'il s'agit de thèses de doctorat ou non. La personne en question et sa thèse figurent dans cette liste.

Lorsque vous obtenez un diplôme universitaire d'une université allemande, vous obtenez généralement deux certificats officiels. Un (étiqueté Urkunde) est une preuve officielle que vous détenez le diplôme mais n'inclut pas de note. L'autre (étiqueté Zeugnis) est une preuve officielle de votre grade mais (selon certains bureaucrates, bien que je soupçonne qu'ils aiment juste se compliquer la vie) pas du diplôme. Je pense que pour les doctorats, il est courant que ces deux documents soient combinés en un seul, qui est ensuite également étiqueté Urkunde, ou dans ce cas Promotionssurkunde, mais inclut la note. La note des doctorats est encore souvent en latin, auquel cas la meilleure note est généralement summa cum laude, suivie par magna cum laude.

Une pratique normale pour s'assurer que les candidats détiennent réellement les diplômes qu'ils prétendent détenir est de demander photocopies de leurs diplômes avec l'application. Ce timing rend moins gênant de demander des preuves. De plus, falsifier un certificat, même s'il ne s'agit que d'une fausse photocopie, est une infraction plus grave que de simplement mentir à propos d'un diplôme, et à ce stade, la récompense de cette fraude plus grave n'est même pas encore certaine. Il est également possible de demander une photocopie certifiée conforme. Je ne sais pas pourquoi cela est fait, peut-être que cela repousse quelques menteurs de plus.

Les universités allemandes ne sont en effet pas autorisées à communiquer des données sur leurs professeurs et (anciens) étudiants. Je considérerais la feuille de calcul liée ci-dessus comme une faible forme de corroboration. Faible car cela ressemble plus à l'effort personnel de quelqu'un qu'à une liste officielle. (Même deux titres de thèse manquent.)

Bien sûr, techniquement, même un certificat doctoral authentique n'est pas une preuve que le titulaire du certificat détient réellement le diplôme. Il pourrait y avoir eu une révocation ultérieure pour plagiat.

Un facteur qui peut conduire même des personnes compétentes à commettre une fraude est l'exigence de publication de la thèse. Une fois que toutes les autres exigences ont été satisfaites, les personnes reçoivent généralement un avertissement indiquant qu'elles ne sont pas autorisées à utiliser leur diplôme avant la publication de la thèse. Pour autant que je sache, cela se fait de manière assez cohérente, car même avec l'avertissement, cela arrive de temps en temps. Bien sûr, c'est moins un problème de nos jours, car la publication se fait souvent par voie électronique.

(J'ai écrit plus tôt que la pratique standard était de remettre le certificat avant la publication. Certaines personnes ont protesté, et je dois convenir que ce que j'ai écrit était manifestement faux. Cela n'a aucun sens pour les universités de remettre la preuve de quelque chose qui n'est pas vrai encore, et ils ne le font pas. Désolé.)


Voir la vidéo: TT Talouden Termi - Myyntisaaminen (Janvier 2022).