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Quelle est cette espèce de bactérie ?


Puis-je demander quelle est l'espèce de cette bactérie? Un commentaire dit qu'il s'agit probablement d'E. coli.

Avis de non-responsabilité : je n'ai aucune idée de la vidéo donnée de bactéries car on nous demande de résoudre le nombre d'entre elles après 24 heures.


Quelles sont les espèces bactériennes ?

La systématique bactérienne n'a pas encore atteint un consensus pour définir l'unité fondamentale de la diversité biologique, l'espèce. Le dernier demi-siècle de systématique bactérienne a été caractérisé par des améliorations dans les méthodes de démarcation des espèces en tant que groupes phénotypiques et génétiques, mais la démarcation des espèces n'a pas été guidée par un concept d'espèce basé sur la théorie. Les systématiciens eucaryotes ont développé un concept universel d'espèce : une espèce est un groupe d'organismes dont la divergence est coiffée par une force de cohésion, la divergence entre différentes espèces est irréversible et différentes espèces sont écologiquement distinctes. Dans le cas des bactéries, ces propriétés universelles ne sont pas détenues par les espèces nommées de la systématique mais par les écotypes. Il s'agit de populations d'organismes occupant une même niche écologique, dont la divergence est purgée de manière récurrente par la sélection naturelle. Ces écotypes peuvent être découverts par plusieurs approches universelles basées sur les séquences. Ces méthodes moléculaires suggèrent qu'une espèce nommée typique contient de nombreux écotypes, chacun avec les attributs universels des espèces. Une espèce bactérienne nommée ressemble donc plus à un genre qu'à une espèce.


Taxonomie bactérienne : signification, importance et niveaux

La science de la classification des bactéries est appelée taxonomie bactérienne. La taxonomie bactérienne (G : taxis = arrangement ou ordre, nomos = loi ou nemein = distribuer ou gouverner), au sens large, se compose de trois disciplines distinctes mais interdépendantes : la classification, la nomenclature et l'identification.

La classification fait référence aux arrangements de bactéries en groupes ou taxons (sing, taxon) sur la base de leur similitude mutuelle ou de leur parenté évolutive.

La nomenclature est la discipline concernée par l'attribution de noms à des groupes taxonomiques conformément aux règles publiées. L'identification représente le côté pratique de la taxonomie, qui consiste à déterminer qu'un isolat particulier appartient à un taxon reconnu. Il convient de mentionner ici que le terme Systématique bactérienne est souvent utilisé pour la taxonomie bactérienne.

Mais la systématique a un sens plus large que la taxonomie et est définie par beaucoup comme l'étude scientifique des organismes dans le but ultime de les caractériser et de les organiser de manière ordonnée. La systématique englobe donc des disciplines telles que la morphologie, l'écologie, l'épidémiologie, la biochimie, la biologie moléculaire et la physiologie des bactéries.

Importance de la taxonomie bactérienne :

Cependant, la taxonomie bactérienne est importante pour les raisons suivantes :

1. La taxonomie bactérienne est censée être un catalogue de bibliothèque qui permet d'accéder facilement à un grand nombre de livres. La taxonomie aide donc à classer et à organiser une diversité déconcertante de bactéries en groupes ou taxons sur la base de leur similitude mutuelle ou de leur parenté évolutive.

2. La science de la bactériologie n'est pas possible sans taxonomie car cette dernière place les bactéries dans des groupes significatifs et utiles avec des noms précis afin que les bactériologistes puissent travailler avec elles et communiquer efficacement.

3. La taxonomie bactérienne aide les bactériologistes à faire des prédictions et à formuler des hypothèses pour de futures recherches basées sur la connaissance de bactéries identiques. Par commodité, le bactériologiste peut prédire qu'une bactérie en question posséderait des caractéristiques similaires à sa bactérie relative dont les caractéristiques sont déjà connues.

4. La contribution de la taxonomie bactérienne à l'identification précise des bactéries est d'une importance pratique. Pour plus de commodité, la taxonomie bactérienne contribue particulièrement dans le domaine de la microbiologie clinique. Le traitement des maladies bactériennes devient souvent exceptionnellement difficile si l'agent pathogène n'est pas correctement identifié.

Rangs ou niveaux de taxonomie bactérienne:

Dans la taxonomie bactérienne, une bactérie est placée dans un groupe petit mais homogène dans un rang ou un niveau. Les groupes de ce rang ou de ce niveau s'unissent pour créer un groupe de rang ou de niveau supérieur. En taxonomie bactérienne, les rangs ou niveaux les plus couramment utilisés dans leur ordre croissant sont : les espèces, les genres, les familles, les ordres, les classes, les phylums et le domaine (tableau 3.1).

L'espèce est le groupe taxonomique de base de la taxonomie bactérienne. Les groupes d'espèces sont ensuite regroupés en genres (sing, genre). Les groupes de genres sont regroupés en familles (sing, family), familles en ordres, ordres en classes, classes en phyla (sing, phylum) et phyla en domaine (le rang ou le niveau le plus élevé). Les groupes de bactéries à chaque rang ou niveau ont des noms avec des terminaisons ou des suffixes caractéristiques de ce rang ou de ce niveau.

Caractéristiques utilisées dans la taxonomie bactérienne :

1. Caractéristiques classiques (taxonomie classique):

Plusieurs caractéristiques phénotypiques (par exemple, morphologiques, physiologiques et métaboliques, écologiques) et l'analyse génétique sont utilisées dans la taxonomie bactérienne (microbienne) depuis de nombreuses années.

Ces caractéristiques sont évaluées et les données sont utilisées pour regrouper les bactéries jusqu'à l'échelle taxonomique de l'espèce au domaine. Les caractéristiques classiques sont très utiles dans l'identification de routine des bactéries et fournissent également des indices sur les relations phylogéniques entre elles ainsi qu'avec d'autres organismes.

Caractéristiques morphologiques:

Diverses caractéristiques morphologiques, par exemple la forme cellulaire, la taille cellulaire, la morphologie coloniale, la disposition des flagelles, le mécanisme de motilité cellulaire, les caractéristiques ultrastructurales, le comportement de coloration, la formation d'endospores, la morphologie et l'emplacement des spores, et la couleur sont normalement utilisées pour classer et identifier les micro-organismes.

Les caractéristiques morphologiques jouent un rôle important dans la classification et l'identification microbiennes pour les raisons suivantes :

(i) Ils sont faciles à étudier et à analyser, en particulier chez les micro-organismes eucaryotes et les procaryotes relativement complexes.

(ii) Normalement, ils ne varient pas beaucoup avec les changements environnementaux, car ils résultent de l'expression de nombreux gènes et, par conséquent, sont généralement génétiquement stables.

(iii) La similitude morphologique entre les micro-organismes est souvent une bonne indication de la parenté phylogénétique.

Certaines caractéristiques morphologiques utiles du point de vue taxonomique et leurs variations sont présentées dans le tableau 3.2.

Caractéristiques physiologiques et métaboliques:

Certaines caractéristiques physiologiques et métaboliques sont très utiles pour classer et identifier les micro-organismes car elles sont directement liées à la nature et à l'activité des enzymes microbiennes et des protéines de transport.

Certaines caractéristiques physiologiques et métaboliques les plus importantes utilisées dans la taxonomie microbienne sont les types nutritionnels, les composants de la paroi cellulaire, les sources de carbone et d'azote, le métabolisme énergétique, la tolérance osmotique, les relations avec l'oxygène, les relations avec la température, les exigences et la tolérance en sel, les métabolites secondaires, les inclusions de stockage, etc.

Certaines caractéristiques physiologiques et métaboliques utiles sur le plan taxonomique et leurs variations sont présentées dans le tableau 3.3.

Caractéristiques écologiques:

Les caractéristiques écologiques, c'est-à-dire les caractéristiques de la relation des micro-organismes avec leur environnement, contribuent de manière significative à la taxonomie microbienne. C'est parce que même des micro-organismes très proches peuvent varier considérablement en ce qui concerne leurs caractéristiques écologiques.

Pour plus de commodité, les micro-organismes vivant dans les environnements d'eau douce, marins, terrestres et corporels humains diffèrent les uns des autres et de ceux vivant dans des environnements différents.

Cependant, certaines des caractéristiques écologiques les plus importantes utilisées dans la taxonomie microbienne sont les modèles de cycle de vie, la nature de la relation symbiotique, la nature pathogène et les variations des exigences en matière de température, de pH, d'oxygène et de concentrations osmotiques.

Analyse génétique:

L'analyse génétique est principalement utilisée dans la classification des micro-organismes eucaryotes car l'espèce est définie dans ces organismes en termes de reproduction sexuée qui s'y produit. Cette analyse est parfois utilisée dans la classification des micro-organismes procaryotes, en particulier ceux qui utilisent les processus de conjugaison et de transformation pour l'échange de gènes.

Par exemple, les membres du genre Escherichia peuvent se conjuguer avec les membres des genres Shigella et Salmonella mais pas avec ceux des genres Enterobacter et Proteus. Cela montre que les membres des trois premiers genres sont plus étroitement liés les uns aux autres qu'à Enterobacter et Proteus.

Des études de transformation avec des genres comme Bacillus, Haemophilus Micrococcus, Rhizobium, etc. révèlent que la transformation a lieu entre différentes espèces bactériennes mais seulement rarement entre genres.

Cela fournit la preuve d'une relation étroite entre les espèces puisque la transformation se termine à moins que les génomes ne soient très similaires. Les plasmides bactériens qui portent des gènes codant pour des traits phénotypiques contribuent sans aucun doute à la taxonomie microbienne comme ils se produisent dans la plupart des genres.

2. Caractéristiques moléculaires:

Certaines approches moléculaires récentes telles que les rapports génomiques de l'ADN GC, l'hybridation d'acides nucléiques, le séquençage d'acides nucléiques, le ribotypage et la comparaison de protéines sont devenues de plus en plus importantes et sont utilisées en routine pour déterminer les caractéristiques des micro-organismes à utiliser dans la taxonomie microbienne.

Ratios GC de l'ADN génomique (teneur en G + C):

Le rapport GC de l'ADN génomique (G + C) est la première, et peut-être la plus simple, approche moléculaire à être utilisée en taxonomie microbienne. Le rapport GC est défini comme le pourcentage de guanine plus cytosine dans l'ADN d'un organisme.

Le GC rapporte la séquence de base et varie avec les changements de séquence comme suit :

Le rapport GC de l'ADN des animaux et des plantes supérieures est en moyenne d'environ 40 % et varie entre 30 et 50 %. Contrairement à cela, le rapport GC des micro-organismes eucaryotes et procaryotes varie considérablement. Le rapport GC procaryote est le plus variable, allant d'environ 20% à près de 80%. Malgré une si large gamme de variation, le rapport GC des souches au sein d'une espèce particulière est constant.

Les rapports génomiques de l'ADN GC d'une grande variété de micro-organismes ont été déterminés, et la connaissance de ce rapport peut être utile en taxonomie microbienne, selon la situation. Pour plus de commodité, deux micro-organismes peuvent posséder des rapports GC identiques et pourtant s'avérer être tout à fait indépendants à la fois taxonomiquement et phylogénétiquement, car une variété de séquences de bases est possible avec un ADN d'une composition de base unique.

Dans ce cas, les rapports GC identiques ne sont d'aucune utilité du point de vue de la taxonomie microbienne. En revanche, si le rapport GC de deux micro-organismes diffère de plus d'environ 10 %, ils partageront peu de séquences d'ADN en commun et il est donc peu probable qu'ils soient étroitement liés.

Les données sur le rapport GC sont précieuses en taxonomie microbienne d'au moins deux manières suivantes :

(i) Ils peuvent confirmer un schéma de classification des micro-organismes élaboré à partir d'autres données. Si les microorganismes d'un même taxon varient considérablement dans leurs ratios GC, le taxon mérite d'être divisé.

(ii) Le rapport GC semble être utile pour caractériser les genres bactériens puisque la variation au sein d'un genre est généralement inférieure à 10 % même si le contenu peut varier considérablement entre les genres.

Pour plus de commodité, Staphylococcus et Micrococcus sont les genres de cocci à Gram positif ayant de nombreuses caractéristiques en commun mais différant par leur rapport GC de plus de 10 %. Le premier a un rapport GC de 30-38%, tandis que le second de 64-75%.

Hybridation d'acide nucléique (hybridation génomique):

L'hybridation d'acide nucléique ou l'hybridation génomique mesure le degré de similitude entre deux génomes (acides nucléiques) et est utile pour différencier deux bactéries (micro-organismes). L'hybridation ADN-ADN est utile pour étudier uniquement les bactéries étroitement apparentées, tandis que l'hybridation ADN-ARN permet de comparer des bactéries éloignées.

1. Hybridation ADN-ADN :

L'ADN double brin isolé d'une bactérie est dissocié en brins simples à une température appropriée qui sont rendus radioactifs avec 32 P, 3 H ou 14 C.

De même, l'ADN double brin isolé d'une autre bactérie est dissocié en brins simples qui ne sont pas rendus radioactifs. Les molécules d'ADN simple brin non radioactives sont d'abord autorisées à se lier à un filtre de nitrocellulose et les brins non liés sont éliminés par lavage.

Maintenant, le filtre avec des brins d'ADN liés est incubé avec l'ADN simple brin radioactif dans des conditions optimales d'hybridation. L'annelage est une caractéristique intéressante de l'ADN simple brin dans laquelle les brins, lors du refroidissement, ont tendance à se réassocier pour former automatiquement une structure en double hélice.

Le recuit se produit de manière optimale lorsque la température est amenée à environ 25°C en dessous de la température de fusion (Tm) dans une solution à forte concentration ionique.

Cependant, pendant l'incubation, les brins simples radioactifs d'ADN s'hybrident avec des brins simples non radioactifs d'ADN en fonction de leur homologie dans la séquence de bases. Ensuite, la charge est lavée pour éliminer les molécules d'ADN radioactif non liées et la radioactivité des molécules d'ADN radioactif hybridées est mesurée.

Ensuite, la quantité de radioactivité dans les molécules d'ADN radioactives hybridées est comparée au contrôle qui est pris comme 100 %, et cette comparaison donne une mesure quantitative du degré de complémentarité des deux espèces d'ADN, c'est-à-dire l'homologie entre les deux. ADN. La procédure est schématisée à la Fig. 3.1.

Bien qu'il n'y ait pas de convention fixe quant à la quantité d'hybridation entre deux ADN est nécessaire pour attribuer deux bactéries au même rang taxonomique, un degré de complémentarité de 70 % ou plus des deux ADN est recommandé pour considérer les deux bactéries appartenant à la même espèce.

En revanche, un degré d'au moins 25 % est requis pour affirmer que les deux bactéries doivent résider dans le même genre. Le degré de complémentarité dans la gamme de 10 % ou moins indique que les deux bactéries sont plus éloignées taxonomiquement apparentées.

L'hybridation ADN-ADN est une méthode sensible pour révéler des différences subtiles dans les gènes de deux bactéries (d'autres microbes également) et est donc utile pour différencier des bactéries étroitement apparentées.

Des études d'homologie d'ADN ont été menées sur plus de 10 000 bactéries appartenant à environ 2 000 espèces et plusieurs centaines de genres. Il s'est avéré être un outil puissant pour résoudre de nombreux problèmes de taxonomie bactérienne, en particulier au niveau des espèces.

2. Hybridation ADN-ARN:

L'hybridation ADN-ARN permet de comparer, contrairement à l'hybridation ADN-ADN, des bactéries (micro-organismes) apparentées à distance à l'aide d'ARN ribosomique radioactif (ARNr) ou d'ARN de transfert (ARNt).

Cela devient possible parce que les segments d'ADN (gènes) transcrivant l'ARNr et l'ARNt ne représentent qu'une petite partie du génome total de l'ADN et n'ont pas évolué aussi rapidement que la plupart des autres gènes codant pour des protéines (c'est-à-dire qu'ils sont plus conservés que les gènes codant pour des protéines) .

Parmi les différents ARNr, l'ARNr 16S des procaryotes et l'ARNr 18S analogue des organismes eucaryotes se sont avérés les plus appropriés pour la comparaison de leurs séquences dans les études taxonomiques. L'un des principaux impacts des études d'ARNr sur la taxonomie, pour plus de commodité, est la reconnaissance de trois domaines principaux - les archées, les bactéries et les eukaryas par Woese et ses collègues en 1990.

La technique d'hybridation ADN-ARN est similaire à celle employée pour l'hybridation ADN-ADN. L'ADNsb non radioactif lié au filtre est incubé avec de l'ARNr radioactif, lavé et compté.

Une mesure encore plus précise de la complémentarité est obtenue en trouvant la température nécessaire pour dissocier et éliminer la moitié de l'ARNr radioactif du filtre plus cette température est élevée, plus le complexe ADN-ARNr est fort et plus les séquences de bases sont similaires.

Cependant, l'hybridation ADN-ARN a été réalisée avec des milliers de bactéries pour la pertinence de leurs relations taxonomiques. De telles études ont été réalisées avec des cultures pures de bactéries jusqu'en 1997-98, mais depuis lors, des techniques ont été développées pour récupérer des gènes d'ARNr directement à partir d'habitats naturels. C'est ce qu'on a appelé l'analyse communautaire de l'ARNr de la communauté bactérienne naturelle.

Séquençage des acides nucléiques:

Le séquençage des acides nucléiques (ADN et ARN) est une autre caractéristique moléculaire qui permet de comparer directement les structures génomiques. La plus grande attention a été accordée au séquençage des ARNr 5S et 16S isolés des sous-unités 50S et 30S du ribosome procaryote 70S, respectivement.

Comme mentionné dans l'hybridation ADN-ARN, les ARNr sont presque idéaux pour les études de l'évolution et de la parenté bactérienne (microbienne) car :

(i) Ils sont essentiels aux ribosomes présents dans toutes les bactéries,

(ii) Leurs fonctions sont les mêmes dans tous les ribosomes, et

(iii) Leur structure change très lentement avec le temps, c'est-à-dire qu'ils sont plus conservés.

La procédure de séquençage de l'ARNr comprend les étapes suivantes :

(i) l'ARNr est isolé du ribosome et purifié,

(ii) L'enzyme transcriptase inverse est utilisée pour fabriquer de l'ADN complémentaire (ADNc) à l'aide d'amorces complémentaires aux séquences d'ARNr conservées,

(iii) L'ADNc est amplifié par amplification en chaîne par polymérase (PCR) et enfin,

(iv) L'ADNc est séquencé et la séquence d'ARNr déduite des résultats.

Le séquençage Shotgun et d'autres techniques de séquençage du génome ont conduit à la caractérisation de nombreux génomes procaryotes (environ 100) en très peu de temps et beaucoup d'autres sont en cours de séquençage. La comparaison directe de séquences génomiques complètes deviendra sans aucun doute un outil important pour déterminer les catégories de classification des procaryotes.

Le ribotypage est une technique qui mesure le motif unique généré lorsque l'ADN d'une bactérie (tous les autres organismes également) est digéré par une enzyme de restriction et que les fragments sont séparés et sondés avec une sonde d'ARNr.

La technique n'implique pas de séquençage d'acide nucléique. Le ribotypage s'est avéré utile pour l'identification bactérienne et a trouvé de nombreuses applications dans les diagnostics cliniques et pour les analyses microbiennes des aliments, de l'eau et des boissons.

Le ribotypage est une méthode rapide et spécifique pour l'identification bactérienne, il est si spécifique qu'il a reçu le surnom de « empreintes digitales moléculaires » car une série unique de bandes apparaît pour pratiquement n'importe quelle bactérie (n'importe quel organisme).

Dans le ribotypage, l'ADN est d'abord isolé d'une colonie ou d'une culture liquide de la bactérie à identifier. En utilisant la réaction en chaîne par polymérase (PCR), les gènes d'ADN pour l'ARNr (de préférence l'ARNr 16S) et les molécules apparentées sont amplifiés, traités avec une ou plusieurs enzymes de restriction, séparés par électrophorèse, puis sondés avec des gènes d'ARNr.

Le motif généré à partir des fragments d'ADN sur le gel est ensuite numérisé et un ordinateur utilisé pour comparer ce motif avec les motifs d'autres bactéries disponibles dans une base de données.

Comparaison des protéines:

Les séquences d'acides aminés des protéines sont le reflet direct des séquences d'ARNm et donc étroitement liées aux structures des gènes codant pour leur synthèse. A la lumière de cela, les comparaisons de protéines de différentes bactéries s'avèrent très utiles taxonomiquement.

Bien qu'il existe de nombreuses méthodes pour comparer les protéines, l'approche la plus directe consiste à déterminer les séquences d'acides aminés des protéines ayant la même fonction.

Lorsque les séquences de protéines de mêmes fonctions chez deux bactéries sont similaires, les bactéries qui les possèdent sont considérées comme étroitement apparentées. Cependant, les séquences de cytochromes et d'autres protéines de transport d'électrons, d'histones, de protéines de chaussettes chauffantes et de diverses enzymes ont été utilisées dans des études taxonomiques.


Que sont les bactéries et que font-elles ?

Les bactéries sont des organismes microscopiques unicellulaires qui existent par millions, dans tous les environnements, à la fois à l'intérieur et à l'extérieur d'autres organismes.

Certaines bactéries sont nocives, mais la plupart sont utiles. Ils soutiennent de nombreuses formes de vie, végétales et animales, et ils sont utilisés dans des processus industriels et médicinaux.

On pense que les bactéries ont été les premiers organismes à apparaître sur terre, il y a environ 4 milliards d'années. Les plus anciens fossiles connus sont des organismes semblables à des bactéries.

Les bactéries peuvent utiliser la plupart des composés organiques et certains composés inorganiques comme nourriture, et certains peuvent survivre à des conditions extrêmes.

Un intérêt croissant pour la fonction du microbiome intestinal jette un nouvel éclairage sur les rôles que jouent les bactéries dans la santé humaine.

Partager sur Pinterest Les bactéries sont des organismes unicellulaires.

Les bactéries sont des organismes unicellulaires qui ne sont ni des plantes ni des animaux.

Ils mesurent généralement quelques micromètres de long et existent ensemble dans des communautés de millions.

Un gramme de sol contient généralement environ 40 millions de cellules bactériennes. Un millilitre d'eau douce contient généralement environ un million de cellules bactériennes.

On estime que la terre contient au moins 5 millions de bactéries, et une grande partie de la biomasse de la terre serait constituée de bactéries.

Il existe de nombreux types de bactéries. Une façon de les classer est par forme. Il existe trois formes de base.

  • Sphérique : Les bactéries en forme de boule sont appelées cocci, et une seule bactérie est un coccus. Les exemples incluent le groupe des streptocoques, responsable de «l'angine streptococcique».
  • En forme de bâtonnet : On les appelle bacilles (bacilles singuliers). Certaines bactéries en forme de bâtonnet sont courbées. Ceux-ci sont connus sous le nom de vibrion. Des exemples de bactéries en forme de bâtonnet comprennent Bacillus anthracis (B. anthracis) ou l'anthrax.
  • Spirale: Ceux-ci sont connus sous le nom de spirilla (spirillus singulier). Si leur bobine est très serrée, ils sont appelés spirochètes. La leptospirose, la maladie de Lyme et la syphilis sont causées par des bactéries de cette forme.

Il existe de nombreuses variantes au sein de chaque groupe de formes.

Les cellules bactériennes sont différentes des cellules végétales et animales. Les bactéries sont des procaryotes, ce qui signifie qu'elles n'ont pas de noyau.

Une cellule bactérienne comprend :

  • Capsule : Couche présente à l'extérieur de la paroi cellulaire chez certaines bactéries.
  • Paroi cellulaire : couche constituée d'un polymère appelé peptidoglycane. La paroi cellulaire donne sa forme à la bactérie. Il est situé à l'extérieur de la membrane plasmique. La paroi cellulaire est plus épaisse chez certaines bactéries, appelées bactéries à Gram positif.
  • Membrane plasmique : Présente dans la paroi cellulaire, elle génère de l'énergie et transporte des produits chimiques. La membrane est perméable, ce qui signifie que des substances peuvent la traverser.
  • Cytoplasme : Substance gélatineuse à l'intérieur de la membrane plasmique qui contient du matériel génétique et des ribosomes.
  • ADN : Il contient toutes les instructions génétiques utilisées dans le développement et la fonction de la bactérie. Il est situé à l'intérieur du cytoplasme.
  • Ribosomes : C'est là que les protéines sont fabriquées ou synthétisées. Les ribosomes sont des particules complexes constituées de granules riches en ARN.
  • Flagelle: Ceci est utilisé pour le mouvement, pour propulser certains types de bactéries. Certaines bactéries peuvent en avoir plusieurs.
  • Pili : Ces appendices ressemblant à des cheveux à l'extérieur de la cellule lui permettent de coller aux surfaces et de transférer du matériel génétique à d'autres cellules. Cela peut contribuer à la propagation de la maladie chez les humains.

Les bactéries se nourrissent de différentes manières.

Les bactéries hétérotrophes, ou hétérotrophes, tirent leur énergie de la consommation de carbone organique. La plupart absorbent les matières organiques mortes, telles que la chair en décomposition. Certaines de ces bactéries parasites tuent leur hôte, tandis que d'autres les aident.

Les bactéries autotrophes (ou simplement autotrophes) fabriquent leur propre nourriture, soit par :

  • photosynthèse, en utilisant la lumière du soleil, l'eau et le dioxyde de carbone, ou
  • chimiosynthèse, en utilisant du dioxyde de carbone, de l'eau et des produits chimiques tels que l'ammoniac, l'azote, le soufre et autres

Les bactéries qui utilisent la photosynthèse sont appelées photoautotrophes. Certains types, par exemple les cyanobactéries, produisent de l'oxygène. Ceux-ci ont probablement joué un rôle essentiel dans la création d'oxygène dans l'atmosphère terrestre. D'autres, comme les héliobactéries, ne produisent pas d'oxygène.

Ceux qui utilisent la chimiosynthèse sont appelés chimioautotrophes. Ces bactéries se trouvent couramment dans les évents océaniques et dans les racines des légumineuses, telles que la luzerne, le trèfle, les pois, les haricots, les lentilles et les arachides.

Les bactéries peuvent être trouvées dans le sol, l'eau, les plantes, les animaux, les déchets radioactifs, les profondeurs de la croûte terrestre, la glace et les glaciers arctiques et les sources chaudes. Il y a des bactéries dans la stratosphère, entre 6 et 30 miles dans l'atmosphère, et dans les profondeurs océaniques, jusqu'à 32 800 pieds ou 10 000 mètres de profondeur.

Les aérobies, ou bactéries aérobies, ne peuvent se développer que là où il y a de l'oxygène. Certains types peuvent causer des problèmes pour l'environnement humain, tels que la corrosion, l'encrassement, les problèmes de clarté de l'eau et les mauvaises odeurs.

Les anaérobies, ou bactéries anaérobies, ne peuvent se développer que là où il n'y a pas d'oxygène. Chez l'homme, c'est principalement dans le tractus gastro-intestinal. Ils peuvent également provoquer des gaz, la gangrène, le tétanos, le botulisme et la plupart des infections dentaires.

Les anaérobies facultatifs, ou bactéries anaérobies facultatives, peuvent vivre avec ou sans oxygène, mais ils préfèrent les environnements où il y a de l'oxygène. On les trouve principalement dans le sol, l'eau, la végétation et une partie de la flore normale des humains et des animaux. Les exemples comprennent Salmonelle.

Les mésophiles, ou bactéries mésophiles, sont les bactéries responsables de la plupart des infections humaines. Ils prospèrent dans des températures modérées, autour de 37°C. C'est la température du corps humain.

Les exemples comprennent Listeria monocytogenes, Pesudomonas maltophilie, Thiobacillus novellus, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyrogènes, Streptococcus pneumoniae, Escherichia coli, et Clostridium kluyveri.

La flore intestinale humaine, ou microbiome intestinal, contient des bactéries mésophiles bénéfiques, telles que Lactobacillus acidophilus.

Les extrêmophiles, ou bactéries extrêmophiles, peuvent résister à des conditions considérées comme trop extrêmes pour la plupart des formes de vie.

Les thermophiles peuvent vivre à des températures élevées, jusqu'à 75 à 80°C, et les hyperthermophiles peuvent survivre à des températures allant jusqu'à 113°C.

Au fond de l'océan, les bactéries vivent dans l'obscurité totale près des bouches thermiques, où la température et la pression sont élevées. Ils fabriquent leur propre nourriture en oxydant le soufre qui provient des profondeurs de la terre.


Listes de bactéries

Bactéries à Gram positif lorsqu'elles sont mises sous ‘gram coloration’ sont teintés d'une couleur violet/bleu. Contrairement aux bactéries à Gram négatif qui ne peuvent pas retenir la coloration cristal violet, celles-ci le peuvent. Les bactéries à Gram négatif prennent à la place des taches de fuchsine ou de safranine, qui apparaissent roses et rouges.

Ainsi, lorsque les bactéries à Gram positif et négatif passent par le processus de coloration de Gram, le positif s'avère capable de conserver la coloration cristal violet en raison de la quantité élevée de teneur en peptidoglycane dans la paroi cellulaire. Les négatifs comme mentionné, ne peuvent pas conserver cette couleur après avoir été lavés dans une solution décolorante.

C'est ainsi que les scientifiques sont capables de distinguer les deux en fonction de leur réaction aux couleurs des taches. Voici une liste de noms de bactéries couvrant toutes sortes de bactéries, dont vous n'avez peut-être jamais entendu parler auparavant. Vous les trouverez dans les différents types de listes de bactéries suivantes.

Bactéries Gram Positifs

• S. saprophyticus
• S. bovis
• C. urealyticum
• Staphylocoque doré
• B. cereus
• S. pneumoniae
• A. adiacens
• Groupe S. mitis
• S. agalactiae
• S. lugdunensis
• C. jelkénium
• Lactobacillus sp.
• C.septicum
• Veillonnelle
• Eubactérie
• Clostridium sp.
• C. difficile
• C. perfringens
• Listeria monocytogenes
• Erysipelothrix rhusiopathiae
• Arcanobacterium bemolyticum

Bactéries Gram Négatives

• Proteus spp.
• Escherichia coli
• Morganelle
• N. gonorrhée
• Moraxella catarrhalis
• N. meningitidis
• Klebsiella pneumoniae
• Aeromonas hydrophila
• Providence
• Enterobacter cloacae
• Cariobacter hominis
• H. influenzae
• Alcaligènes
• Burkholderia cepacia
• H. parainfluenzae
• Pasturella multocida
• Kingella kingae
• Brucella sp.
• C. jejuni
• Haemophilus aphrophilus
• Stenotrophomonas maltophilia

Liste des bactéries avec des capsules

La structure protectrice qui entoure les champignons ou les bactéries est une protéine qui fait partie d'une capsule. C'est un matériau appelé polysaccharide, qui est maintenu en place par des attaches covalentes aux molécules lipide-A ou au phosholipid. Cette couche est à l'extérieur de la paroi cellulaire de la bactérie. Cette couche extracellulaire protège la cellule des éléments extérieurs qui pourraient s'avérer dangereux comme la dessiccation ou la phagocytose. Ces bactéries peuvent être à l'origine de diverses maladies infectieuses qui peuvent se développer dans le système d'une personne. Ces types de bactéries en capsule font partie des listes de bactéries à Gram positif et négatif.

  • Klebsiella pneumoniae
  • Escherichia coli
  • Streptocoque pyogène
  • Haemophilus influenzae
  • Bacillus mégaterium

Liste des virus

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Un virus, qui est un petit agent infectieux, n'est capable de se répliquer qu'à l'intérieur d'un organisme, c'est-à-dire au sein de sa structure cellulaire. Une seule particule virale est appelée ‘virion’. Il peut se transférer d'une plante à une autre, d'un animal à un autre, d'une plante à un animal, et même à l'homme. Il existe différentes manières de contracter une infection virale, par exemple en étant en contact avec une personne qui a la grippe, un rhume ou une maladie sexuellement transmissible.

Bactéries dans l'urine

Les types de bactéries les plus courants que l'on trouve dans l'urine sont à l'origine de différentes maladies, notamment des infections bactériennes dans le corps humain. Des problèmes tels que les MST, les infections des voies urinaires, la formation de calculs des voies urinaires, etc., sont provoqués par ces bactéries.

  • Chlamydia
  • Lactobacilles
  • Protée
  • Escherichia coli (E. coli)
  • Mycoplasme

Les listes compilées couvrent la plupart des types de bactéries, y compris les virus qui provoquent certaines maladies. J'espère que cela servira de source appropriée pour savoir quel type de bactéries existe parmi nous.

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Les bactéries peuvent être classées en bactéries gram-négatives et gram-positives. L'article suivant vous fournit la différenciation entre eux sur la base de diverses caractéristiques.

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Différents types de bactéries

La classification des bactéries est plus complexe que celle basée sur des facteurs de base tels que si elles sont nocives ou utiles pour l'homme ou l'environnement dans lequel elles existent. Cet article vous donnera une classification détaillée des bactéries.

La classification des bactéries est plus complexe que celle basée sur des facteurs de base tels que si elles sont nocives ou utiles pour l'homme ou l'environnement dans lequel elles existent. Cet article vous donnera une classification détaillée des bactéries.

Que sont les bactéries ?

Les bactéries (singulier : bactérie) sont des organismes unicellulaires qui ne peuvent être vus qu'au microscope. Ils se présentent sous différentes formes et tailles, et leurs tailles sont mesurées en micromètres – qui est un millionième de mètre. Il existe plusieurs types de bactéries différentes, et on les trouve partout et dans tous les types d'environnement.

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Il existe différents groupes de bactéries, qui appartiennent à la même famille et ont évolué à partir de la même bactérie (ancêtre). Cependant, chacun de ces types possède ses propres caractéristiques qui ont évolué après la séparation de l'espèce d'origine. The classification of bacteria is based on many factors like morphology, DNA sequencing, requirement of oxygen and carbon-dioxide, staining methods, presence of flagellae, cell structure, etc. This article will give you the classification of these micro-organisms based on all these factors, as well as a few other factors.

Classification of Bacteria

Before the invention of the DNA sequencing technique, bacteria were mainly classified based on their shapes – also known as morphology, biochemistry and staining – i.e. either Gram positive or Gram negative staining. Nowadays, along with the morphology, DNA sequencing is also used in order to classify bacteria. DNA sequencing helps in understanding the relationship between two types of bacteria i.e. if they are related to each other despite their different shapes. Along with the shape and DNA sequence, other things such as their metabolic activities, conditions required for their growth, biochemical reactions (i.e., biochemistry as mentioned above), antigenic properties etc. are also helpful in classifying the bacteria.

Based on Morphology, DNA Sequencing, and Biochemistry

Based on the morphology, DNA sequencing, conditions required and biochemistry, scientists have come up with the following classification with 28 different bacterial phyla:

  1. Acidobacteria
  2. Actinobacteria
  3. Aquificae
  4. Bacteroidetes
  5. Caldiserica
  6. Chlamydiae
  7. Chlorobi
  8. Chloroflexi
  9. Chrysiogenetes
  10. Cyanobacteria
  11. Deferribacteres
  12. Deinococcus-Thermus
  13. Dictyoglomi
  14. Elusimicrobia
  15. Fibrobacteres
  16. Firmicutes
  17. Fusobacteria
  18. Gemmatimonadetes
  19. Lentisphaerae
  20. Nitrospira
  21. Planctomycetes
  22. Proteobacteria
  23. Spirochaetes
  24. Synergistetes
  25. Tenericutes
  26. Thermodesulfobacteria
  27. Thermotogae
  28. Verrucomicrobia

Each phylum further corresponds to the number of species and genera of bacteria. In a broad sense, this bacterial classification includes bacteria which are found in various types of environment such as fresh-water bacteria, saline-water bacteria, bacteria that can survive extreme temperatures (as in sulfur-water-spring bacteria and bacteria found in Antarctica ice), bacteria that can survive in highly acidic environment, bacteria that can survive in highly alkaline environment, bacteria that can withstand high radiations, aerobic bacteria, anaerobic bacteria, autotrophic bacteria, heterotrophic bacteria, and so on…


Definition of Bacterial Isolation

Bacterial isolation is defined as the technique of separating une espèce of bacteria from the bacteria’s mixed culture by different plating methods like pouring, spreading, streaking, and serial dilution. The growth of bacteria can be observed over the solid nutrient medium, in the liquid broth medium and some automated liquid culture medium. To visualize and isolate the bacteria in solid media, we need to add the bacterial suspension into or on the media.

Oppositely, the bacterial inoculum in the liquid broth is characterized by the turgid media. Les automated liquid culture medium also detects bacteria’s presence through various characteristics like production of carbon dioxide. Therefore, bacterial isolation provides an important tool to study the morphological, physiochemical and pathogenic properties of the bacteria that has been isolated.


Bacteria Characteristics

Bacteria are single-celled organisms. They lack organelles such as chloroplasts and mitochondria, and they do not have the true nucleus found in eukaryotic cells. Instead, their DNA, a double strand that is continuous and circular, is located in a nucleoid. The nucleoid is an irregularly shaped region that does not have a nuclear membrane. Bacteria also have a cell membrane and a cell wall that is often made of peptidoglycan. Ensemble, la membrane cellulaire et la paroi cellulaire sont appelées enveloppe cellulaire. Many bacteria need a cell wall in order to survive.

Reproduction occurs through binary fission, which is the splitting of a bacterial cell after it reaches a certain size. Bacteria reproduce asexually, so the two daughter cells that result from binary fission have the same DNA as the parent cell. However, some bacteria can also exchange genetic material among one another in a process known as horizontal gene transfer. This method involves two already existing bacteria it is not a form of transmission from parent to child.


What is this species of bacteria? - La biologie

Biological species concept

The biological species concept defines a species as members of populations that actually or potentially interbreed in nature, not according to similarity of appearance. Although appearance is helpful in identifying species, it does not define species.

Appearance isn't everything
Organisms may appear to be alike and be different species. For example, Western meadowlarks (Sturnelle négligée) and Eastern meadowlarks (Sturnelle magna) look almost identical to one another, yet do not interbreed with each other — thus, they are separate species according to this definition.

The Western meadowlark (left) and the Eastern meadowlark (right) appear to be identical, and their ranges overlap, but their distinct songs prevent interbreeding.

Adding to the problem
We already pointed out two of the difficulties with the biological species concept: what do you do with asexual organisms, and what do you do with organisms that occasionally form hybrids with one another? Other difficulties include:

    What is meant by "potentially interbreeding?" If a population of frogs were divided by a freeway, as shown below, that prevented the two groups of frogs from interbreeding, should we designate them as separate species? Probably not — but how distantly separated do they have to be before we draw the line?

are species with a geographic distribution that forms a ring and overlaps at the ends. The many subspecies of Ensatina salamanders in California exhibit subtle morphological and genetic differences all along their range. They all interbreed with their immediate neighbors with one exception: where the extreme ends of the range overlap in Southern California, E. klauberi et E. eschscholtzii do not interbreed. So where do we mark the point of speciation?

This trilobite lineage below evolved gradually over time:

Should we consider trilobite A as a separate species from trilobite D, and if so, where should we divide the lineage into separate species?


Scientists Created Bacteria With a Synthetic Genome. Is This Artificial Life?

In a milestone for synthetic biology, colonies of E. coli thrive with DNA constructed from scratch by humans, not nature.

Scientists have created a living organism whose DNA is entirely hu man-made — perhaps a new form of life, experts said, and a milestone in the field of synthetic biology.

Researchers at the Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology in Britain reported on Wednesday that they had rewritten the DNA of the bacteria Escherichia coli, fashioning a synthetic genome four times larger and far more complex than any previously created.

The bacteria are alive, though unusually shaped and reproducing slowly. But their cells operate according to a new set of biological rules, producing familiar proteins with a reconstructed genetic code.

The achievement one day may lead to organisms that produce novel medicines or other valuable molecules, as living factories. These synthetic bacteria also may offer clues as to how the genetic code arose in the early history of life.

“It’s a landmark,” said Tom Ellis, director of the Center for Synthetic Biology at Imperial College London, who was not involved in the new study. “No one’s done anything like it in terms of size or in terms of number of changes before.”

Each gene in a living genome is detailed in an alphabet of four bases, molecules called adenine, thymine, guanine and cytosine (often described only by their first letters: A, T, G, C). A gene may be made of thousands of bases.

Genes direct cells to choose among 20 amino acids, the building blocks of proteins, the workhorses of every cell. Proteins carry out a vast number of jobs in the body, from ferrying oxygen in the blood to generating force in our muscles.

Nine years ago, researchers built a synthetic genome that was one million base pairs long. The new E. coli genome, reported in the journal Nature, is four million base pairs long and had to be constructed with entirely new methods.

The new study was led by Jason Chin, a molecular biologist at the M.R.C. laboratory, who wanted to understand why all living things encode genetic information in the same baffling way.

The production of each amino acid in the cell is directed by three bases arranged in the DNA strand. Each of these trios is known as a codon. The codon TCT, for example, ensures that an amino acid called serine is attached to the end of a new protein.

Since there are only 20 amino acids, you’d think the genome only needs 20 codons to make them. But the genetic code is full of redundancies, for reasons that no one understands.

Amino acids are encoded by 61 codons, not 20. Production of serine, for example, is governed by six different codons. (Another three codons are called stop codons they tell DNA where to stop construction of an amino acid.)

Like many scientists, Dr. Chin was intrigued by all this duplication. Were all these chunks of DNA essential to life?

“Because life universally uses 64 codons, we really didn’t have an answer,” Dr. Chin said. So he set out to create an organism that could shed some light on the question.

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After some preliminary experiments, he and his colleagues designed a modified version of the E. coli genome on a computer that only required 61 codons to produce all of the amino acids the organism needs.

Instead of requiring six codons to make serine, this genome used just four. It had two stop codons, not three. In effect, the researchers treated E. coli DNA as if it were a gigantic text file, performing a search-and-replace function at over 18,000 spots.

Now the researchers had a blueprint for a new genome four million base pairs long. They could synthesize the DNA in a lab, but introducing it into the bacteria — essentially substituting synthetic genes for those made by evolution — was a daunting challenge.

The genome was too long and too complicated to force into a cell in one attempt. Instead, the researchers built small segments and swapped them piece by piece into E. coli genomes. By the time they were done, no natural segments remained.

Much to their relief, the altered E. coli did not die. The bacteria grow more slowly than regular E. coli and develop longer, rod-shaped cells. But they are very much alive.

Dr. Chin hopes to build on this experiment by removing more codons and compressing the genetic code even further. He wants to see just how streamlined the genetic code can be while still supporting life.

The Cambridge team is just one of many racing in recent years to build synthetic genomes. The list of potential uses is a long one. One attractive possibility: Viruses may not be able to invade recoded cells.

Many companies today use genetically engineered microbes to make medicines like insulin or useful chemicals like detergent enzymes. If a viral outbreak hits the fermentation tanks, the results can be catastrophic. A microbe with synthetic DNA might be made immune to such attacks.

Recoding DNA could also allow scientists to program engineered cells so that their genes won’t work if they escape into other species. “It creates a genetic firewall,” said Finn Stirling, a synthetic biologist at Harvard Medical School who was not involved in the new study.

Researchers are also interested in recoding life because it opens up the opportunity to make molecules with entirely new kinds of chemistry.

Beyond the 20 amino acids used by all living things, there are hundreds of other kinds. A compressed genetic code will free up codons that scientists can use to encode these new building blocks, making new proteins that carry out new tasks in the body.

James Kuo, a postdoctoral researcher at Harvard Medical School, offered a note of caution. Tacking bases together to make genomes remains enormously costly.

“It’s just way too expensive for academic groups to keep pursuing,” Dr. Kuo said.

But E. coli is a workhorse of laboratory research, and now it’s clear that its genome can be synthesized. It’s not hard to imagine that prices will fall as demands for custom, synthetic DNA rise. Researchers could apply Dr. Chin’s methods to yeast or other species.


Streptocoque pyogène

BSIP/UIG/Universal Images Group/Getty Images

Streptocoque pyogène bacteria typically colonize the skin and throat areas of the body. S. pyogenes reside in these areas without causing issues in most cases. Cependant, S. pyogenes can become pathogenic in individuals with compromised immune systems. This species is responsible for a number of diseases that range from mild infections to life-threatening illnesses. Some of these diseases include strep throat, scarlet fever, impetigo, necrotizing fasciitis, toxic shock syndrome, septicemia, and acute rheumatic fever. S. pyogenes produce toxins that destroy body cells, specifically red blood cells and white blood cells. S. pyogenes are more popularly known as "flesh-eating bacteria" because they destroy infected tissue causing what is known as necrotizing fasciitis.


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