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Probabilité de formation en épingle à cheveux vs auto-dimère?


J'ai un oligo ssDNA linéaire qui est conçu de telle sorte que les extrémités soient complémentaires et propices à la formation en épingle à cheveux (voir la figure ci-jointe). Ma question est, qui a une probabilité plus élevée de formation, une épingle à cheveux ou un auto-dimère? La probabilité de formation en épingle à cheveux augmenterait-elle si je diminuais la concentration de l'oligo ssDNA pendant le processus de recuit ? Si j'entre la séquence dans l'analyseur d'oligo IDT, l'énergie libre de Gibbs pour la formation d'auto-dimères est nettement inférieure à celle de l'épingle à cheveux. La température de fusion de la partie complémentaire de mon oligo est de 50 degrés. L'annelage se fera dans de l'eau sans nucléase, sans Mg+.


J'ai testé une conception similaire à celle-ci. Avec un protocole duplex, la chance de former une épingle à cheveux est beaucoup plus élevée que celle de former des auto-dimères, même à une concentration de 25 M. Vous pouvez utiliser un gel d'agarose 3-5% pour tester le résultat.


Il semble que la cinétique ait plus à faire que la thermodynamique.

Intuitivement, il semble que si vous prenez cet ADN à faible concentration, les 2 extrémités de la même molécule auront plus de chances de se trouver car elles se trouvent dans la même molécule, de même que la partie intermédiaire de 60 nucléotides se pliera. Ainsi, la forme en épingle à cheveux est susceptible de se former à une concentration plus faible de cet ADN simple brin.

Maintenant, à partir de cette condition, s'ils doivent passer à la forme linéaire, ils doivent d'abord dérouler la région appariée. C'est la région "montée" de la cinétique, ou l'action énergétiquement défavorable.


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